一、肿瘤相关基因高甲基化与胃癌的研究进展（论文文献综述）
赵琳[1]（2020）在《BSP测序检测青海地区汉、藏族胃癌患者中TGFBI的甲基化状态》文中进行了进一步梳理目的:通过检测胃癌（Gastric cancer,GC）患者癌组织及与之相匹配的癌旁组织中TGFBI基因启动子甲基化状态,探讨TGFBI基因甲基化与GC发生、发展的关系。通过民族间的比较,探讨汉族、藏族GC患者之间TGFBI基因启动子甲基化是否具有差异性,为青海地区GC高发及民族间发病率存在差异的可能原因提供相关理论数据。方法:1.收集2019年03月至2019年11月于青海大学附属医院住院并行胃镜活检,首次病理确诊为GC的患者28例。其中,GC组织样本和配对癌旁组织样本各28个。2.依据民族不同分组:汉族17例,藏族11例。3.采用亚硫酸氢盐测序（bisulfite sequencing PCR,BSP）法检测各样本TGFBI基因启动子甲基化程度,并进行统计学分析。结果:1.GC组织TGFBI基因启动子甲基化克隆数478个,甲基化率为11.42%;癌旁组织TGFBI基因启动子甲基化克隆数293个,甲基化率为6.98%;GC组织甲基化程度高于与其相匹配的癌旁组织,差异具有统计学意义（P<0.05）。2.汉族、藏族GC组织中,汉族TGFBI基因启动子甲基化克隆数299个,平均甲基化率17.73%;藏族TGFBI基因启动子甲基化克隆数179个,平均甲基化率10.95%,汉族、藏族GC患者癌组织间TGFBI基因启动子甲基化差异不具有统计学意义（P>0.05）。3.汉族、藏族配对癌旁组织中,汉族TGFBI基因启动子甲基化克隆数208个,平均甲基化率8.16%;藏族TGFBI基因启动子甲基化克隆数85个,平均甲基化率5.15%,汉族、藏族GC患者癌旁组织间TGFBI基因启动子甲基化差异具有统计学意义（P<0.05）。4.收集临床病理资料分析:GC组织中TGFBI基因启动子甲基化程度与患者的性别、年龄及肿瘤的病理分化、浸润深度、转移、TNM分期均无统计学意义（P>0.05）。结论:1.GC患者癌组织TGFBI基因启动子甲基化程度显着高于配对癌旁组织,考虑TGFBI基因高甲基化可能参与GC的发生、发展。2.汉、藏两民族GC患者TGFBI基因甲基化程度在癌旁组织间存在差异,在癌组织间无差异,考虑TGFBI基因高甲基化可能与早期GC发展有关,这对早期GC诊断的研究方向及探讨基因甲基化对民族间GC发病率的影响提供一定参考。3.GC组织TGFBI基因启动子甲基化程度在患者GC转移、TNM分期中无差异。
倪婧[2]（2020）在《遗传变异与胃癌预后全基因组关联研究》文中提出【研究背景】胃癌是一种起病隐匿、进展迅速、预后较差的恶性肿瘤,其死亡率居全球恶性肿瘤第二位。近年来,我国在胃癌早期筛查和临床治疗水平上有了长足的进步,但胃癌的五年生存率仍然低于30%。目前,临床上以TNM分期作为胃癌患者预后评估及指导治疗的主要指标,然而同一分期的患者预后存在明显差异,提示胃癌存在高度异质性。既往研究通过候选基因策略发现了TFF1、CLOCK等基因遗传变异与胃癌预后存在关联,但由于研究样本量较小且往往缺乏人群相互验证,研究结果可重复性差,尚没有明确的胃癌预后遗传标志物。全基因组关联研究（Genome-wide association study,GWAS）作为一种高效的遗传关联研究策略,已用于探讨基因组遗传变异与肺癌和食管癌等肿瘤预后的关系,发现了一些对肿瘤预后影响较为明确的遗传区域。因此,通过GWAS策略研究胃癌预后相关的基因组遗传变异,有望为阐明胃癌异质性提供新思路,并为其预后预测提供生物标志物。【研究目的】本研究通过胃癌预后GWAS研究,系统评价全基因组遗传变异对胃癌患者预后的影响,发现胃癌预后遗传标志物;并利用所鉴定的遗传标志物构建预后遗传评分,探索其在胃癌预后预测中的潜在应用价值。【研究方法】本研究采用前瞻性病例随访研究设计,共纳入三个独立胃癌队列:江苏队列、上海队列、TCGA队列。江苏队列和上海队列用于筛选,TCGA队列用于验证。研究对象均为未发生远处转移的并经外科手术切除病灶的新发胃腺癌患者。江苏和上海两个队列分别纳入了1049例和1405例具有完整临床资料和预后随访信息的胃癌患者。TCGA队列包括343例具有基因分型数据及预后随访信息的胃癌患者和341例具有基因表达数据及预后随访信息的胃癌患者。所有研究对象均完成了基因组芯片检测,并采用统一的质控标准和填补流程。本研究首先在江苏和上海胃癌队列中分别进行全基因组单核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphisms,SNPs）与患者总生存期的关联分析,应用Cox回归模型基于相加效应遗传模型进行分析,协变量包括诊断年龄、性别、肿瘤部位、TNM分期、化放疗史、分型平台以及前10个主成分。随后,采用固定效应模型对两个队列预后GWAS关联效应值进行Meta分析,并筛选关联结果一致的候选遗传变异(两个队列关联P<0.05且效应一致,且PMeta<0.001),应用TCGA队列通过两种策略进行验证。策略一（候选遗传变异）:候选遗传变异与TCGA队列胃癌患者预后存在显着关联（P<0.05）;策略二（候选靶基因）:通过生物信息学功能注释发现可能调节基因表达的功能性区域,在TCGA和Kaplan-Meier Plotter两个数据库中同时验证功能区域对应的靶基因表达水平与胃癌患者预后的关联（P<0.05）。最终,通过两种研究策略验证得到的遗传变异均可确定为胃癌预后相关遗传变异。以上述发现的所有胃癌预后遗传位点构建加权多基因危险评分（Polygenic hazard score,PHS）,并在各个队列中分析PHS与患者死亡风险的关联,同时联合其他已知胃癌预后因素建立Nomogram模型。使用时间依赖性受试者工作特征曲线（Receiver operation curve,ROC）分析,进行各个模型曲线下面积（Areas under the curve,AUC）比较。此外,本研究还通过净再分类改善率（Net reclassification improvement,NRI）和整体鉴别指数（Integrated discrimination improvement,IDI）来比较Nomogram模型相对于单纯临床因素模型的改善情况。【研究结果】通过遗传变异验证策略,本研究发现了21个独立遗传变异与胃癌患者预后显着相关,其中最显着的是位于染色体15q15.1区域rs1618332,与其野生型等位基因C相比,突变型等位基因T可显着增加胃癌患者死亡风险(HR=1.30,95%CI:1.20-1.39,P=4.12×10-8)。在候选靶基因策略中,我们发现了6个区域的遗传变异,包括染色体2q14.3、5p13.3、9p21.3、9q34.11、11p15.4和16p12.3区域遗传变异可分别调控预后显着相关靶基因CYP27C1、ADAMTS12、ELAVL2、PHYHD1、SCUBE2和ACSM5的表达水平。最终,通过两种研究策略共鉴定了26个胃癌预后相关独立遗传变异位点,其中11p15.4区域遗传变异在两种策略中同时得到验证。基于上述发现的26个独立遗传位点构建胃癌预后加权PHS,并根据PHS四分位数将人群分为不同危险水平组,即低风险组、低-中风险组、中风险组和高风险组。结果显示,随着PHS危险等级增加,江苏胃癌队列和上海胃癌队列患者的死亡风险均显着增加（P<0.001）。两个队列合并后,与低风险组相比,中-低危险组（HR=1.51,95%CI:1.21-1.88）、中危险组（HR=2.55,95%CI:2.08-3.13）和高危险组（HR=3.98,95%CI:3.28-4.83）死亡风险的增加呈显着的剂量反应关系（P<0.001）。同样,在TCGA队列中也显示了类似的剂量反应关系（P<0.001）:中-低危险组（HR=1.59,95%CI:0.79-3.17）、中危险组（HR=2.60,95%CI:1.38-4.90）和高危险组（HR=6.35,95%CI:3.48-11.60）。在江苏和上海队列中应用4个预后独立危险因子（PHS、诊断年龄、TNM分期及放化疗史）构建胃癌Nomogram模型,该模型C-index为0.771（95%CI:0.757-0.785）且校准曲线与预测曲线一致性较高。PHS预测胃癌患者5年生存AUC为0.670,高于诊断年龄（AUC=0.547）而低于TNM分期（AUC=0.734）。整合PHS的Nomogram模型5年生存AUC可达到0.814。与单纯临床因素模型相比,添加PHS后的模型重分类正确比例NRI和鉴别能力IDI分别提高了8.73%（95%CI:0.044-0.148,P<0.001）和9.70%（95%CI:0.078-0.118,P<0.001）。此外,在TCGA胃癌队列中,PHS预测患者5年生存的AUC为0.732,高于TNM分期（AUC=0.634）。单纯临床因素模型预测患者5年生存的AUC为0.653,增加PHS后的模型5年生存AUC大小可提升至0.790。【研究结论】本研究通过大样本多中心胃癌队列系统鉴定了26个胃癌预后遗传位点,其构建的加权PHS是影响胃癌患者预后的独立危险因子,联合PHS与传统临床预后因子构建Nomogram模型可显着提高胃癌患者预后预测能力。本研究结果揭示了遗传变异影响胃癌预后的作用及其在胃癌预后预测中的临床意义,并为深入阐明胃癌进展机制奠定了重要基础。
李雪萍[3]（2020）在《DNMT3B基因多态性与上皮性卵巢癌患者临床预后关系的研究》文中研究表明目的:上皮性卵巢癌早期多无明显症状,且无特异性的筛查手段,约70%患者在确诊时已发展至晚期。晚期患者的主要治疗方式为肿瘤细胞减灭术加上以铂类药物为基础的辅助化疗。由于上皮性卵巢癌早期诊断困难、化疗过程中易产生耐药,多数患者在2年内出现肿瘤转移、复发,5年生存率20%～40%。因此,应用特异性生物标记物来预测上皮性卵巢癌的临床预后风险,可提高生存率,改善患者生存质量。DNA甲基化参与调控体内基因表达、基因沉默、DNA损伤修复等多个生物学过程。多项研究表明DNA异常甲基化是肿瘤发生、发展及耐药过程中的重要标志。DNMT3B基因是催化和维持基因组DNA甲基化过程中的重要基因,该基因的单核苷酸多态性可能是DNA发生异常甲基化的关键。本研究旨在探讨DNMT3B基因启动子区域rs2424913、rs6087990位点多态性与上皮性卵巢癌患者临床预后之间的关系。方法:1.队列研究分析DNMT3B基因单核苷酸多态性与EOC患者铂类化疗敏感性及临床预后之间的关联。蛋白酶K消化-饱和氯化钠盐析法提取基因组DNA,聚合酶连反应-连接酶检测反应检测rs2424913、rs6087990基因型。2.SPSS 25.0软件（SPSS Company,Chicago,IL,USA）分析本研究中涉及到的数据。P<0.05即差异有统计学意义。结果:1.DNMT3B基因rs2424913、rs6087990多态位点各基因型在不同临床特征中的分布频率无统计学差异（P>0.05）;2.采用COX回归模型进行多因素分析（校正年龄、分期、术后残余病灶）:DNMT3B rs2424913多态性与EOC患者临床预后有关,即与T/T基因型相比,携带C/T基因型患者的3年及5年复发风险增加,其PFS明显缩短（P<0.05,H R=2.73,95%CI=1.24-6.03;HR=3.57,95%CI=1.49-8.51）;3.采用COX回归模型进行多因素分析（校正年龄、分期、术后残余病灶）:rs6087990多态性与EOC患者临床预后无关,差异无统计学意义（P>0.05）。结论:1.DNMT3B基因rs2424913单核苷酸多态性与上皮性卵巢癌患者临床预后有关,即与T/T基因型相比,携带C/T基因型可能是上皮性卵巢癌复发的独立危险因素。2.DNMT3B基因rs6087990单核苷酸多态性位点与上皮性卵巢癌患者临床预后无关
娄萧旗[4]（2020）在《凋亡相关基因BNIP3和DAPK1甲基化与胃癌发生发展、化疗疗效及预后关联研究》文中研究表明背景外周血白细胞BNIP3和DAPK1基因甲基化作为胃癌（gastric cancer,GC）检测的无创生物标志物的潜在价值仍有待评估。本研究的目的是检测研究对象外周血白细胞中BNIP3和DAPK1基因甲基化水平,并探讨BNIP3和DAPK1基因甲基化水平与胃癌发生发展、化疗疗效及预后的关联。方法本项研究采用病例对照的研究方法,利用Methyl Target技术检测150例胃癌患者和100例健康对照（healthy controls,HCs）外周血白细胞中BNIP3和DAPK1基因甲基化水平。从BNIP3基因中挑选出55个Cp G位点,4个区域进行甲基化水平检测;从DAPK1基因挑选出85个Cp G位点,6个区域进行甲基化水平检测。评估BNIP3和DAPK1基因甲基化水平与胃癌发生发展、化疗疗效及预后的关联。结果研究结果表明,胃癌患者BNIP3和DAPK1基因的38个Cp G位点和6个Cp G岛的甲基化水平低于健康对照(Padj<0.05)。女性中Cp G位点BNIP3＿1＿5和BNIP3＿s＿1联合检测,诊断特异性和敏感性分别为75.0%,88.9%;DAPK1＿4＿9和DAPK1＿5＿2联合检测,诊断特异性和敏感性分别为66.7%,77.8%。临床病理特征分层分析结果表明:BNIP3和DAPK1基因在男性、年轻（≤平均值）、低分化和Ⅳ期胃癌患者中呈现低甲基化;BNIP3和DAPK1基因甲基化水平与淋巴结转移、内脏转移和肿瘤部位无关。化疗疗效及预后分析结果表明:胃癌患者BNIP3和DAPK1基因甲基化水平与化疗疗效及预后有关,低甲基化患者的化疗疗效比高甲基化患者差,低甲基化患者的DFS,PFS和OS比高甲基化患者明显缩短。结论外周血白细胞BNIP3和DAPK1基因甲基化水平与胃癌发生发展及化疗疗效有关,外周血白细胞BNIP3和DAPK1基因甲基化水平具有检测胃癌、识别更具侵袭性生物学行为患者和评价患者化疗疗效和预后的潜在价值。
史亚辉[5]（2019）在《基于TCGA数据库的泛癌症代谢基因及其通路分析》文中研究表明癌症是世界范围威胁人类生命健康的重大疾病之一,其发生、发展和转移过程均涉及复杂的细胞代谢过程和分子调控机制。细胞代谢重编程和表观遗传修饰功能失调是癌细胞的主要特征,癌细胞通过细胞代谢重组来满足自身生物合成的需要。代谢通路的紊乱又进一步通过代谢物的积累或减少来影响表观修饰,进而影响染色质结构和特定基因的转录调控,从而促进癌症的发生和发展。因此对癌症中代谢基因改变和代谢与表观遗传之间调控关系的研究,有利于进一步揭示癌症发生的内在分子机制。本研究旨在研究泛癌症与正常组织的代谢差异以及对代谢基因在表观调控方面的潜在功能挖掘。基于TCGA（The Cancer Genome Atlas project）数据库中11中常见癌症类型的m RNA表达谱数据（这11种癌症类型分别是乳腺浸润性癌、结肠癌、结直肠腺癌、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、胃腺癌和甲状腺癌）,通过生物信息学分析方法,本研究筛选出癌症组织中表达异常的代谢基因。对差异表达的代谢基因进行GO功能注释和Reactome通路富集分析,发现癌症在整体代谢方面都出现功能紊乱。此外,本研究还发现代谢基因紊乱对表观调控的影响,并对TCGA数据库中甲基化数据进行分析,筛选出潜在的受到代谢紊乱而差异表达的基因。具体研究内容如下:1.从TCGA数据库获得的11种癌症的m RNA表达谱数据,利用Cyber-T分析软件进行差异分析,获得癌症中差异表达基因。筛选差异表达基因的阈值为BH<0.05（BH:Benjamini-Hochberg多重检验方法校正p值）和|FC（Fold Change）|>1.5。从ccm GDB数据库中获取代谢基因集,从上述差异基因中筛选出代谢差异表达基因。结果表明,跨癌症类型中有3 636～8 337个基因和369～1 103个代谢基因在癌症组织中发生差异表达。整合11种癌症类型的代谢差异表达基因,共得到1896个代谢基因,其中1 695个代谢基因在两种及以上癌症类型发生差异表达。其中10个代谢基因在11种癌症类型中均差异表达,例如ACACB、ADH1B、EIF4EBP、GNG7、HAGHL和POLE2等。此外,660个代谢基因的差异表达在不同癌症类型中呈现异质性,如GNG7基因在肝癌中发生上调,但在其余10种癌症类型中均下调。筛选并得到264个在至少8种癌症类型中发生显着差异变化的代谢基因。2.对上述264个代谢基因进行GO功能注释和Reactome通路富集分析,发现上述代谢基因参与氧化还原过程、单碳代谢、糖酵解代谢和蛋白质折叠等与维持癌症细胞生长、增殖、侵染和转移相关的关键代谢通路;揭示并呈现了糖酵解、糖胺聚糖、尿素循环和多胺类物质代谢的紊乱情况以及溶质载体家族的失调情况。同时,使用STRING网站对上述代谢通路的代谢基因进行蛋白质相互作用网络分析和预后生存分析,筛选影响癌症患者预后生存时间的标志基因。Kaplan-Meier（K-M）生存分析显示,PKM、CSPG4、AGMAT和SRM基因的高表达组和低表达组之间癌症患者的总体生存时间具有显着差异,其高表达与患者的不良预后相关。3.提出了癌症代谢基因表达紊乱与组蛋白乙酰化、糖基化和DNA甲基化紊乱的联系。其中,基因ACLY、SLC2A1和KAT2A在多种癌症中表达紊乱,可能影响癌症中组蛋白乙酰化水平;OGT基因的表达差异可能调节了癌症中组蛋白糖基化;基因AHCY和DNMT3b可能影响了癌症中DNA甲基化水平。预后生存分析结果显示DNMT3b的高表达和5种癌症患者的较差预后相关。整合甲基化数据和基因表达数据,发现一些可能受DNMT3b异常表达影响的甲基化调控的基因。上述基因在所研究癌症类型中无重叠,且参与不同的生物学功能注释,表明通过DNMT3b参与的DNA甲基化过程具有组织特异性。结论:通过对所研究癌症的代谢基因差异分析,发现不同癌症类型之间的差异基因具有异质性,同时也存在一定共性。本论文获得与代谢相关的载体转运家族基因的差异表达情况,及糖酵解过程、糖胺聚糖和多胺类物质的紊乱代谢网络。同时,本论文发现了部分关键代谢基因,如ACLY,SLC2A1,KAT2A和DNMT3b等的差异表达可能对癌症中组蛋白乙酰化和DNA甲基化紊乱有影响,为泛癌症机制揭示提供理论依据。
郭安兵[6]（2019）在《影响早期胃癌内镜切除术后胃癌再发的DNA甲基化研究》文中提出目的:筛选与慢性萎缩性胃炎发生相关的候选基因DNA甲基化位点,进一步探讨萎缩相关DNA甲基化与早期胃癌内镜切除后胃癌再发的关系,为胃癌的早期诊断和精准随访提供新的思路方法。方法:纳入自2015年6月-2019年1月就诊于临沂市人民医院消化内科内镜诊疗中心的患者,纳入对象为病理组织诊断为慢性非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎及早期胃癌接受内镜黏膜下剥离术的患者,详细采集纳入患者的基本信息,包括年龄、性别、Hp感染、家族史、吸烟史、饮酒史、饮食习惯、病变部位、内镜检查或治疗后随访结果。收集研究病例的胃组织标本,使用亚硫酸氢盐处理样本基因组DNA,通过多重PCR技术扩增目的片段,结合二代测序平台,对PCR产物进行测序,利用生物信息学方法,精确定量计算目标区间内的3个基因（EMX1、NKX6-1、miR-124a-3）甲基化位点的甲基化状态（百分比）。比较慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎组的DNA甲基化差异,筛选出萎缩发生相关的甲基化位点,进一步分析不同甲基化水平组与早期胃癌内镜切除术后胃癌再发（异时性胃癌）的关系,探讨DNA甲基化对早期胃癌内镜切除术后胃癌再发的预测价值。结果:1.研究共纳入200例患者,其中慢性非萎缩性胃炎16例,慢性萎缩性胃炎14例,接受内镜治疗的早期胃癌170例。早期胃癌组经平均37.5个月的随访,有10例再发胃癌。所有病例的胃组织甲基化水平呈现多态性。通过比较慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎组各基因甲基化水平发现,两组病例在EMX1-1基因第一片段的30（简称EMX1-1/30）、42、53位点,NKX6-1基因的72、82位点,miR-124a-3基因的121、167位点甲基化水平存在显着差异（P<0.01）。2.根据甲基化水平四分位数将早期胃癌病例分为4组,按甲基化水平由低到高为Q1-Q4组,通过?2检验比较各位点的不同甲基化水平组（Q1-Q4）的临床特点,发现三个基因的高基化水平组（Q4）具有更大的年龄（P<0.05）,具有更高的Hp感染率（P<0.05）,而在性别、吸烟史、饮酒史、家族史的差异无统计学意义（P>0.05）。3.将纳入病例的年龄、性别、Hp感染、吸烟史、饮酒史、家族史作为可能影响内镜切除术后异时性胃癌发生的一般危险因素纳入分析,通过Cox比例风险模型分析得出风险比值比（HR）值、95%可信区间（CI）和P值,结果显示,性别为男性可能为异时性胃癌发生的潜在危险因素（P=0.03,HR=0.45,95%CI=0.17-0.96）;年龄小于50岁（P=0.07,HR=1.87,95%CI=0.97-2.67）和吸烟史（P=0.07,HR=0.89,95%CI=0.37-1.03）是影响异时性胃癌发生的潜在危险因素。4.将3个基因的甲基化位点分成Q1-Q4共4组分析,通过Cox回归统计分析分别比较Q2-Q4组与Q1组（基线组）,发现各基因位点的高甲基化水平组的异时性胃癌的发生风险较低甲基化水平有一定的增高趋势（HR值逐渐增高）,但Q2-Q4组和基线Q1组的差异未达到统计学意义,平衡胃癌发生的常见危险因素后发现EMX1-1/42、NKX6-1/72、NKX6-1/82、miR-124a-3/121、miR-124a-3/167基因位点的高甲基化水平组的异时性胃癌的发生风险较低甲基化水平组仍有一定的增高趋势,差异未达到统计学意义。结论:1.DNA甲基化水平在慢性胃炎和早期胃癌患者中呈现多态性分布。2.DNA甲基化状态影响慢性胃炎患者萎缩的发生,萎缩胃黏膜表现出DNA高甲基化状态,并可能进一步影响早期胃癌内镜切除术后再发胃癌的出现几率。3.DNA甲基化可以作为一个潜在的预测胃癌发生的标志物,指导术后随访时间间隔。
吴樾[7]（2019）在《EphB6基因甲基化在胃癌中的调控作用的研究》文中认为研究背景和目的胃癌（Gastric Cancer,GC）是我国常见恶性肿瘤,尽管近年来在胃癌的诊断和治疗上取得一定进步,但我国GC的发病率与死亡率仍位居前列。从分子层面上探究胃癌发生、发展将有助于寻找到新的治疗突破点。EphB6是酪氨酸激酶（receptor tyrosine kinases,RTKs）家族中一种缺乏酪氨酸激酶活性的特殊型受体。目前国内外大量研究提示EphB6在大部分肿瘤中呈现低表达,可能发挥着抑癌基因功能。但是EphB6在胃癌中的研究尚少,本课题前期通过对胃癌患者外周血样本ctDNA高通量测序,发现多例EphB6基因高频突变。基于前期研究,我们以胃癌为研究对象,将EphB6作为目的基因,明确EphB6在胃癌组织和胃癌细胞株中的表达,探究可能影响EphB6基因表达的机制;构建EphB6稳定过表达的胃癌细胞株,观察其对胃癌细胞增殖、侵袭转移的影响,并初步探索相关分子机制。研究方法1.运用公共数据库生物信息网站及免疫组化技术研究胃癌组织及对应的癌旁正常组织EphB6表达情况并进一步分析EphB6蛋白表达水平与患者临床病理参数的关系。2.应用RT-PCR、Westernblot技术检测正常胃上皮细胞GES-1和5种胃癌细胞株（BGC823、HGC-27、MGC803、AGS、SGC7901）中EphB6的表达情况并且运用特异性甲基化PCR（MSP）检测6株实验株甲基化的情况。3.利用RT-PCR、Westernblot技术、MSP检测去甲基化药物对胃癌细胞株EphB6表达情况及甲基化情况影响。4.构建人EphB6基因慢病毒过表达载体并进行病毒包装与鉴定,将慢病毒体外转染EphB6相对低表达的人胃癌细胞株,利用Puromycin筛选出稳定过表达实验株,采用RT-PCR、Westernblot方法验证稳定过表达EphB6的实验株,通过CCK-8增殖实验、Transwell侵袭实验分别探究EphB6过表达前后细胞增殖、侵袭转移生物学行为的变化;运用Westernblot检测磷酸化ERK蛋白,进一步探索其可能的分子机制。研究结果1.公共数据库生物信息GEPIA网站分析结果与免疫组化检测胃癌组织标本均显示癌旁组织EphB6的表达高于胃癌组织中EphB6的表达;进一步将免疫组化检测结果与合临床数据结合分析,发现EphB6蛋白表达下调与胃癌分化程度（P=0.042<0.05）、有无脉管癌栓（P=0.013<0.05）存在相关性,但与性别（P=0.486）、年龄（P=0.323）、肿瘤部位（P=0.495）、是否有淋巴结转移（P=1.00）、是否神经侵犯（P=0.079）以及临床分期（P=0.734）均无显着相关（P>0.05）。2.采用RT-PCR、Westernblot、MSP检测6株实验细胞株EphB6在mRNA和蛋白水平表达及其甲基化状态。RT-PCR检测EphB6 mRNA表达,结果显示:HGC-27、SGC7901、BGC823、MGC803 4株胃癌细胞株较正常胃上皮细胞呈现低表达,AGS胃癌细胞株较正常胃上皮细胞呈现高表达;Westernblot检测EphB6蛋白表达结果显示:HGC-27、BGC823、MGC803 EphB6蛋白表达较正常胃上皮细胞低（P<0.05）,AGS、SGC7901与正常胃上皮相比并无明显差异（P>0.05）。MSP检测甲基化结果显示:AGS为完全非甲基化状态,GES-1、HGC-27为部分甲基化状态,SGC7901、BGC823、MGC803为完全甲基化状态。采用以上3种实验方法最终筛选出EphB6最低表达、高甲基化状态的BGC823胃癌细胞株作为后续实验株。3.采用RT-PCR、Westernblot、MSP检测不同浓度去甲基化药物作用于BGC823胃癌细胞株后,EphB6在mRNA和蛋白的表达水平及其甲基化状态,结果显示:EphB6mRNA、蛋白表达均不同程度的提高（P<0.05）,且随着药物浓度增加EphB6表达升高,与浓度呈正相关;EphB6甲基化状态随着药物增加降低,降低程度与浓度呈正相关性。4.构建稳定过表达EphB6基因的BGC823实验细胞株,运用RT-PCR、Westernblot检测,结果显示:实验株EphB6 mRNA和蛋白的表达水平均较空载体对照组明显升高（P<0.05）。进一步采用CCK-8增殖实验检测细胞增殖状况差异,结果显示:实验组较空载体对照组组增长缓慢、过表达EphB6的BGC823实验组增长明显受到抑制,在48h、72h出现明显统计学差异（P<0.05）。采用Transwell实验检测细胞侵袭状况差异,结果显示:过表达EphB6 BGC823实验组的侵袭细胞数较其对照组明显减少（P<0.001）。采用Westernblot检测磷酸化ERK表达水平差异,结果显示:过表达EphB6BGC823实验组磷酸化ERK蛋白较对照组明显升高（P<0.001）。结论1.EphB6在胃癌组织中表达低于癌旁正常组织,并且EphB6蛋白表达与脉管癌栓、胃癌分化程度密切相关,提示EphB6在胃癌中可能也是扮演抑癌基因的角色。EphB6蛋白表达水平有可能是影响胃癌发生、发展重要的参考指标。2.EphB6启动子的甲基化状态通过下调该基因的转录水平进而降低其在胃癌中的表达,它可能是调控EphB6蛋白表达的重要机制之一。3.去甲基化药物5-Aza-CdR通过逆转EphB6基因启动子区甲基化状态,上调EphB6蛋白的表达,且蛋白表达上调的程度与浓度呈正相关。4.EphB6过表达可显着抑制BGC823人胃癌细胞的增殖、侵袭转移。EphB6可能通过活化P-ERK来改变人胃癌细胞株的生物学行为。
成佳[8]（2019）在《环状RNA-微小RNA调控网络参与胃癌不同生长方式及疾病进展的研究》文中研究指明目的1.胃癌的生长方式往往与肿瘤的恶性程度、侵袭、转移等病理特征相关,寻找影响其生长方式的调控分子有利于探究不同类型胃癌的发生机制,准确鉴定与胃癌生物学特性相关的分子标记,对胃癌的防治具有重要意义。2.筛选与鉴定胃癌不同生长方式相关的miRNA,探索其主要的生物作用途径和细胞功能。揭示这些miRNA与靶基因调控机制在胃癌组织学分型等病理发生中的作用,探讨它们与胃癌临床病理特征的关系,评估其作为潜在疾病预后标志物的临床价值。3.寻找能够调控上述胃癌Ming分型相关miRNAs的circRNA分子,探讨发现的circRNA-miRNAs调控网络在不同生长方式胃癌中的作用及其主要生物学功能,鉴定circRNA-miRNA-mRNA调控轴靶基因在胃癌疾病进展和预后评估中的临床意义。方法1.选取不同生长方式胃癌的典型样本进行miRNA微阵列芯片筛选,对所得结果采用实时定量RT-PCR技术在不同Ming分型来源的胃癌细胞中进行验证。2.鉴定与胃癌不同生长方式相关的miRNA家族,通过生物信息学进行miRNA作用途径筛选和靶基因功能富集,结合肿瘤芯片数据库集合运算寻找与胃癌组织亚型高度相关的miRNA家族靶基因。3.通过荧光素酶报告基因实验、定量RT-PCR、免疫印迹等分子生物学技术验证胃癌Ming分型相关miRNA与上述靶基因之间的分子调控机制。4.Meta分析以确认上述靶基因在胃癌中的表达情况,酶联免疫吸附试验和肿瘤蛋白组化数据库探明靶基因表达蛋白在不同生长方式胃癌细胞胞外分泌能力和肿瘤组织分布情况。5.对靶基因表达水平与胃癌组织病理学类型、恶性程度、临床分期及幽门螺杆菌感染等病理特征进行相关性分析6.细胞迁移及侵袭实验评估靶基因对胃癌细胞浸润能力的影响,为其参与胃癌不同生长方式的形成提供证据并采用逻辑回归模型分析其作为标志物在胃癌临床预后中的价值。7.文献检索及生物信息学预测可与胃癌不同生长方式相关的miRNA结合的circRNA分子并分析其亚细胞定位。8.通过合成上述circRNA特异性siRNA和构建过表达载体来转染胃癌细胞,检测其对相关miRNA表达水平的调控作用。9.构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络来对其调控的miRNA进行作用途径筛选和靶基因功能富集,CCK-8细胞增殖实验验证circRNA-miRNA-mRNA调控轴影响胃癌细胞生长的生物学作用。10.肿瘤芯片表达数据库挖掘及ROC曲线分析来鉴定circRNA-miRNA-mRNA调控轴靶基因在胃癌中的表达情况并评估其在区分癌组织与正常组织参考价值。11.采用生存率估计的乘积极限法分别对靶基因高低表达的两组患者进行总体生存曲线与首次复燃曲线计算,从而评估它们的表达水平在胃癌临床疾病进展中的价值。结果1.筛选出胃癌不同生长方式相关的miRNA表达谱,RT-qPCR技术验证miR-29s与胃癌发生及Ming分型有显着的相关性。2.生物信息学揭示miR-29s生物学功能与ECM-receptor interaction作用途径关系最为密切。在ECM-receptor interaction作用途径与miR-29s 基因的互作网络的功能富集揭示ECM结构组装、细胞运动和细胞黏附为该途径靶基因的主要功能类别。3.将上述靶基因与Oncomine数据库弥漫型胃癌高风险基因进行集合运算筛选,确认COL4A1基因极可能为miR-29s发挥生物学作用的重要靶点。4.在TCGA大样本中验证了 COL4A1在胃癌中高表达,miR-29s通过结合COL4A1基因mRNA的3UTR区域抑制其翻译。5.Meta分析确认COL4A1基因高表达促进胃癌发生,浸润型胃癌细胞分泌COL4A1蛋白的能力强于膨胀型胃癌细胞。6.胃癌COL4A1基因的表达与肿瘤组织亚型、恶性程度、疾病分期和HP感染等临床特征相关,提示其具有促进胃癌发生、加快病理学进展的作用。7.下调COL4A1表达显着抑制胃癌细胞的迁移和侵袭能力,生存分析揭示COL4A1基因高表达的胃癌患者预后差。8.发现circHIPK3主要分布于细胞质内,可通过吸附miR-124和miR-29b而调控它们的表达。9.circHIPK3在胃癌组织表达水平与胃癌的T分期相关。circHIPK3-miR-124/miR-29b调控轴与Pathways in cancer途径密切相关,主要生物学功能是影响细胞生长。10.CCK-8增殖实验显示circHIPK3的高表达可以促进胃癌细胞增殖,低表达circHIPK3则抑制胃癌细胞增殖。11.circHIPK3-miR-124/miR-29b 调控轴共同靶基因（COL1A1、COL4A1 和CDK6）均在胃癌中呈现高表达,且受到circHIPK3的调节。ROC曲线揭示COL1A1和COL4A1基因表达可在一定程度上区分胃癌组织与胃正常组织。12.胃癌组织中COL1A1、COL4A1和CDK6的表达水平可作为患者生存期的预后生物标志,低表达者预后好于高表达者。结论胃癌的不同生长方式与miRNA的调控有密切的关系,这类miRNA通过调节靶基因的功能来影响胃癌的组织学分型和肿瘤的病理进展。circRNA-miRNA-mRNA调控轴也参与了胃癌不同生长方式的发生,由circRNA调控网络介导的转录调控机制拓展了对胃癌发病机制的认识,该调控网络中的靶基因表达水平对于评估胃癌的疾病进程有重要的临床价值。
刘绍文[9]（2019）在《S-腺苷甲硫氨酸（SAMe）对人肝内胆管癌细胞系ICC-9810增殖及迁移能力的影响及作用机制》文中研究表明目的:探讨S-腺苷甲硫氨酸（SAMe）预处理对人肝内胆管癌ICC-9810细胞系生长和侵袭力的影响;以及cmyc和尿激酶型纤溶酶原激活剂（uPA）基因在ICC-9810细胞中的表达。方法:采用体外细胞培养技术培养肝内胆管癌ICC-9810细胞（人肝内胆管癌细胞）,采用MTT方法检测细胞的生长抑制率;添加不同浓度（0、2、4mmol/L）的SAMe培养液于培养基中培养,应用流式细胞仪单独检测每组细胞的凋亡及周期情况;采用Transwell方法检测细胞侵袭。另外,通过逆转录聚合酶链反应（qPCR）检测c-myc和uPA基因的mRNA表达,并通过蛋白质印迹法（WB）检测c-myc和uPA基因的蛋白表达,最后以MSP法检测每组细胞中c-myc和uPA基因的甲基化状态。结果:0.5～32mmol/L不同浓度的SAMe处理人肝内胆管癌ICC-9810细胞24、48、72h,对细胞生长及增殖均有明显的抑制作用,随着SAMe药物浓度增加和作用时间的延长,癌细胞凋亡率也显着增加（P<0.01）,癌细胞侵袭数目逐渐减少,侵袭率也呈降低的趋势（P<0.01）;此外,从细胞周期的实验结果可以看出,随着SAMe浓度增加,可以抑制GO/G1期并且促进S期。qPCR检测结果显示,与对照组相比,随着SAMe药物浓度增加cmyc mRNA表达量显着增高,SAMe浓度为4mmol/L时uPA基因mRNA表达量最高,SAMe浓度为2mmol/L时表达量最低;WB检测结果显示:随着药物浓度的增加,cmyc蛋白表达呈降低的趋势,uPA蛋白无表达;c-myc和uPA基因的甲基化状态均未能检测出。结论:SAMe对人肝内胆管癌ICC-9810细胞系生长有明显的抑制作用,明显的降低癌细胞侵袭力,并且与SAMe的浓度成正相关作用。SAMe可通过参与调节cmyc基因和uPA基因的表达而在抑制细胞生长和降低侵袭性中发挥一定的作用,可以为临床治疗肝内胆管癌的药物研究提供新的策略。
王浩[10]（2017）在《Wnt抑制基因甲基化与信号通路活化及胃癌预后的相关性研究》文中研究指明胃癌是我国的第二大癌症,其发生率和死亡率都仅次于肺癌。患者的5年生存率也只有30%左右。胃癌的发生发展与多种信号通路的异常活化和失活密切相关。其中,Wnt信号通路在胃癌的发展进程中起着关键作用。近年来,随着人们对该通路的研究,发现Wnt抑制基因甲基化是该通路活化的重要机制。并且有报道称表观遗传学的异常改变是胃癌发生的重要原因。基于此,我们对Wnt信号通路的几个关键抑制基因做了重点研究。在第一部中,我们选取了 6个Wnt抑制基因（SFRP2、SFRP4、SFRP5、DKK1、DKK2、APC）,通过methprimer在线工具分析这些基因的CpG岛,并设计扩增和测序引物,采用焦磷酸测序技术和荧光定量PCR技术分别检测这些基因CpG位点甲基化水平和mRNA表达水平。然后将这些数据和胃癌的临床信息进行了综合分析。通过分析我们发现,SFRP2、SFRP4、DKK1、DKK2这4个基因的甲基化化水平与胃癌的发生密切相关。SFRP2和DKK2基因的mRNA表达水平在胃癌中明显降低。当同时考虑这些基因的甲基化状态时,我们发现多个Wnt抑制基因共同高甲基化在胃癌中高频发生。SFRP2和DKK2基因甲基化在胃癌组织中存在高度共发的关系,并且这两个基因的高甲基化能够引起Wnt经典信号通路的活化。生存分析发现SFRP2和DKK2基因高甲基化与患者较差生存时间密切相关,说明这两个基因甲基化可能是一个潜在的预后分子标志物。在第二部分中,我们构建了DKK2基因慢病毒表达载体,通过CCK8细胞增殖、克隆形成、细胞凋亡、细胞迁移及细胞侵袭实验对该基因的功能进行了详细研究。结果发现DKK2基因的过表达可以显着降低胃癌细胞的生长速度及克隆形成能力,并且可以引起细胞的凋亡。此外,过表达DKK2基因后也可以显着的降低胃癌细胞的迁移及侵袭能力,说明DKK2作为肿瘤抑制基因,在胃癌的发展进程中十分重要。在第三部分中,我们利用TCGA数据,将Wnt信号通路所有基因（包括经典和非经典信号通路）从基因突变、拷贝数变异、mRNA表达以及甲基化多个水平与胃癌的临床及分子信息进行分析。最终发现Wnt信号通路相关分子的基因突变（主要指基因扩增和基因缺失）在胃癌中高频发生。13个基因的mRNA表达水平在胃癌中异常频率高于10%。且主要以表达上调为主。SMAD4基因突变与患者较差的总生存期具有近似显着的关系,SENP2基因高表达与胃癌患者较好的总生存期具有近似显着的关系。在甲基化聚类分析中,胃癌样本被聚类到了3个差异比较明显的组里。癌症样本的甲基化谱与正常对照样本具有明显的差异,这3个甲基化聚类组与胃癌的分子分型、CIMP状态,肿瘤级别具有相关关系。且在高甲基化的样本组中具有显着增高的β-catenin活性,说明甲基化的异常升高是Wnt信号通路活化的重要原因。
二、肿瘤相关基因高甲基化与胃癌的研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、肿瘤相关基因高甲基化与胃癌的研究进展（论文提纲范文）
（1）BSP测序检测青海地区汉、藏族胃癌患者中TGFBI的甲基化状态（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 主要符号及英文缩写对照 |
| 第1章 前言 |
| 第2章 材料及方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.1.1 一般资料 |
| 2.1.2 纳入及排除标准 |
| 2.2 实验材料及试剂 |
| 2.3 实验仪器 |
| 2.4 实验方法步骤 |
| 2.4.1 GC组织、癌旁组织DNA提取 |
| 2.4.2 DNA亚硫酸氢钠修饰 |
| 2.4.3 引物设计 |
| 2.4.4 PCR反应体系 |
| 2.4.5 反应条件 |
| 2.4.6 电泳检测条带 |
| 2.4.7 连接反应体系 |
| 2.4.8 连接产物转化 |
| 2.4.9 蓝白斑筛选 |
| 2.4.10 测序 |
| 2.5 实验技术路线图 |
| 2.6 实验结果统计 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 TGFBI基因启动子区Cp G岛的分布 |
| 3.1.1 应用在线平台,TGFBI基因启动子区Cp G岛 |
| 3.2 GC患者癌及癌旁组织中TGFBI基因启动子甲基化的状态 |
| 3.3 汉、藏族GC患者,癌及癌旁组织中TGFBI基因启动子甲基化状态 |
| 3.3.1 汉、藏族GC患者,癌组织中TGFBI基因启动子甲基化状态 |
| 3.3.2 汉、藏GC患者,癌旁组织中TGFBI基因启动子甲基化状态 |
| 3.4 TGFBI基因启动子甲基化与临床病理特征的关系 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者在读期间科研成果简介 |
| 致谢 |
| 附录 文献综述 消化系统肿瘤与TGFBI的表达相关性的研究进展 |
| 参考文献 |
（2）遗传变异与胃癌预后全基因组关联研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 对象与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 新型分子标志物在胃癌预后中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录一 主要缩略词的中英文对照表 |
| 附录二 发表论文 |
| 致谢 |
（3）DNMT3B基因多态性与上皮性卵巢癌患者临床预后关系的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 DNA甲基化与肿瘤相关研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（4）凋亡相关基因BNIP3和DAPK1甲基化与胃癌发生发展、化疗疗效及预后关联研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1.前言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 综述 凋亡相关基因DAPK1和BNIP3甲基化在胃癌中的研究进展 |
| 参考文献 |
（5）基于TCGA数据库的泛癌症代谢基因及其通路分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 癌症研究概况 |
| 1.1.1 癌症现状 |
| 1.1.2 癌症分类及特点 |
| 1.1.3 癌症的诊断与治疗 |
| 1.2 癌症代谢研究现状及应用 |
| 1.3 癌症代谢与表观遗传修饰之间的关系 |
| 1.4 常用数据库和软件 |
| 1.4.1 TCGA数据库 |
| 1.4.2 ccm GDB数据库 |
| 1.4.3 Reactome通路分析数据库 |
| 1.4.4 R语言和Bioconductor |
| 1.4.5 Python语言 |
| 1.5 研究的目的与意义 |
| 第二章 泛癌症中差异表达代谢基因分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验数据的来源和预处理 |
| 2.2.2 筛选差异表达的基因和代谢基因 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 各癌症中差异表达的基因和代谢基因 |
| 2.3.2 泛癌症中差异表达的代谢基因 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 泛癌症中差异代谢基因通路分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验数据来源和预处理 |
| 3.2.2 差异代谢基因功能注释和通路富集分析 |
| 3.2.3 蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络 |
| 3.2.4 生存分析 |
| 3.3 结果分析 |
| 3.3.1 代谢基因功能注释和通路富集分析 |
| 3.3.2 糖酵解代谢通路分析、PPI网络和生存分析 |
| 3.3.3 糖胺聚糖代谢通路分析、PPI网络和生存分析 |
| 3.3.4 癌症中尿素循环和多胺类物质代谢通路分析、PPI网络和生存分析 |
| 3.3.5 癌症中底物特异性转运蛋白的失调和生存分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 泛癌症中代谢基因紊乱与表观遗传修饰之间的关系 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验数据来源 |
| 4.2.2 生存分析 |
| 4.2.3 DNA甲基化分析 |
| 4.2.4 斯皮尔曼秩相关分析 |
| 4.2.5 GO功能注释 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 与组蛋白乙酰化修饰相关的紊乱代谢基因情况 |
| 4.3.2 与组蛋白糖基化修饰相关的紊乱代谢基因情况 |
| 4.3.3 与甲基化修饰相关的紊乱代谢基因 |
| 4.3.4 生存分析 |
| 4.3.5 DNMT3b改变DNA甲基化和相应基因表达 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新性 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（6）影响早期胃癌内镜切除术后胃癌再发的DNA甲基化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一章 研究对象与方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.研究方法 |
| 3.DNA甲基化检测实验流程 |
| 4.统计学方法 |
| 第二章 结果 |
| 1 纳入病例一般临床特点 |
| 2 甲基化检测结果及筛选 |
| 2.1 甲基化检测结果 |
| 2.2 萎缩相关DNA甲基化的筛选 |
| 3 萎缩相关DNA甲基化位点在所有纳入病例中的分布 |
| 4 萎缩相关DNA甲基化与ESD术后异时性胃癌的关系 |
| 4.1 不同甲基化水平的ESD术后病例一般特点 |
| 4.2 影响ESD术后异时性胃癌发生的一般危险因素分析 |
| 4.3 不同甲基化水平与ESD术后异时性胃癌关系分析 |
| 4.4 不同甲基化水平与ESD术后异时性胃癌关系的多因素分析 |
| 第三章 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 致谢 |
（7）EphB6基因甲基化在胃癌中的调控作用的研究（论文提纲范文）
| 英文略缩词 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 EphB6 在胃癌组织中的表达情况 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.小结 |
| 第二部分 EphB6 在胃癌细胞株中表达及其甲基化情况 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.小结 |
| 第三部分 去甲基化药物5-Aza-CdR对 BGC823 胃癌细胞EphB6 基因表达和甲基化情况的影响 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.小结 |
| 第四部分 EphB6 过表达对BGC823 胃癌细胞增殖、侵袭转移生物学的影响及其机制的初步探究 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.小结 |
| 全文总结 |
| 问题和展望 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）环状RNA-微小RNA调控网络参与胃癌不同生长方式及疾病进展的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一部分 胃癌不同生长方式相关miRNA的鉴定与功能分析 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 胃癌的流行病学现状 |
| 1.2 胃癌病因 |
| 1.2.1 环境致病因子 |
| 1.2.2 个性与心理应激 |
| 1.2.3 遗传背景与基因突变 |
| 1.3 胃癌的分型 |
| 1.3.1 解剖学分型 |
| 1.3.2 组织学类型 |
| 1.3.3 分子分型 |
| 1.4 微小RNA调控与胃癌 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 第二章 实验材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 主要仪器 |
| 2.1.2 主要试剂及耗材 |
| 2.1.3 胃癌组织标本 |
| 2.1.4 细胞株 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 组织标本收集 |
| 2.2.2 常规HE染色 |
| 2.2.3 组织总RNA的提取 |
| 2.2.4 微阵列芯片技术筛选胃癌Ming分型相关miRNA |
| 2.2.5 Real-time qRT-PCR检测胃癌Ming分型相关miRNA的表达 |
| 2.2.6 计算基因相对表达水平 |
| 2.2.7 细胞培养 |
| 2.2.8 细胞总RNA的提取 |
| 2.2.9 MiRNA作用途径的生物信息学分析 |
| 2.2.10 MiR-29家族生物学作用途径的筛选和功能预测 |
| 2.2.11 癌基因数据库Oncomine挖掘弥漫型胃癌高表达风险基因 |
| 2.2.12 靶基因结合位点预测与质粒构建 |
| 2.2.13 荧光素酶报告基因实验 |
| 2.2.14 特异性miR-29s抑制剂或类似物的合成及转染 |
| 2.2.15 脂质体Lipofectamine 3000转染miR-29s抑制剂或类似物 |
| 2.2.16 Real-time qRT-PCR检测转染后miR-29s靶基因mRNA表达 |
| 2.2.17 蛋白质免疫印迹技术检测转染后miR-29s靶基因蛋白水平 |
| 2.2.18 胃癌中COL4A1表达水平及其与miR-29s的相关性分析 |
| 2.2.19 Meta分析胃癌芯片数据COL4A1基因的表达 |
| 2.2.20 ELISA检测Ming分型来源癌细胞中COL4A1的分泌 |
| 2.2.21 胃癌组织COL4A1水平与临床病理学特征分析 |
| 2.2.22 慢病毒shRNA载体构建 |
| 2.2.23 Transwell实验分析胃癌细胞迁移和侵袭能力 |
| 2.2.24 肿瘤蛋白数据库鉴定COL4A1在胃癌组织的分布及临床价值 |
| 2.2.25 数据统计分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 不同Ming氏分型胃癌差异化miRNAs表达谱的鉴定 |
| 3.2 胃癌不同生长方式相关miR-29s的表达验证 |
| 3.3 胃癌中miR-29s作用通路筛选 |
| 3.4 靶基因互作网络的建立和功能富集 |
| 3.5 ECM-receptor interaction途径中靶基因与弥漫型胃癌的关系 |
| 3.6 MiR-29s结合COL4A1基因3'-UTR降低重组质粒LUC活性 |
| 3.7 MiR-29s显着降低COL4A1基因的表达水平 |
| 3.8 胃癌组织中COL4A1基因的高表达与miR-29s的低表达呈现相关性 |
| 3.9 不同生长方式胃癌细胞分泌COL4A1蛋白能力具有差异 |
| 3.10 胃癌组织COL4A1水平与临床病理学特征密切相关 |
| 3.11 下调COL4A1的表达显着抑制胃癌细胞的迁移和侵袭能力 |
| 3.12 胃癌患者生存期与COL4A1的表达显着相关 |
| 第四章 讨论 |
| 第二部分 环状RNA-微小RNA互作网络在胃癌Ming分型中的生物学作用及临床价值研究 |
| 第一章 前言 |
| 5.1 环状RNA的发现及其功能 |
| 5.2 环状RNA与肿瘤 |
| 5.3 环状RNA与胃癌 |
| 5.4 研究目的和意义 |
| 第二章 实验材料和方法 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 主要仪器 |
| 6.1.2 主要试剂及耗材 |
| 6.1.3 胃癌及配对正常组织标本 |
| 6.1.4 细胞株 |
| 6.2 方法 |
| 6.2.1 组织标本收集 |
| 6.2.2 文献检索及环状RNA生物信息学预测 |
| 6.2.3 检测circRNA、miRNA和mRNA的表达 |
| 6.2.4 计算基因相对表达水平、细胞培养、细胞总RNA的提取 |
| 6.2.5 CircHIPK3特异性siRNA的合成及转染 |
| 6.2.6 生物信息学构建circHIPK3-miRNA-mRNA调控网络 |
| 6.2.7 CircHIPK3过表达载体的构建 |
| 6.2.8 转染circHIPK3过表达质粒 |
| 6.2.9 CCK-8检测胃癌细胞增殖率 |
| 6.2.10 肿瘤基因数据库Oncomine的数据挖掘及ROC曲线分析 |
| 6.2.11 生存分析 |
| 6.2.12 数据统计学分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 7.1 环状RNA潜在结合的miRNA及其亚细胞定位 |
| 7.2 在胃癌中miR-124和miR-29b的表达水平可以被circHIPK3调控 |
| 7.3 上调的circHIPK3与胃癌的临床侵袭因素相关且与miR-124/miR-29b的表达水平呈现负相关性 |
| 7.4 生物信息学预测分析circHIPK3-miR-124/miR-29b调控轴的作用途径 |
| 7.5 CircHIPK3-miR-124/miR-29b-mRNA调控轴的功能富集 |
| 7.6 胃癌细胞的增值受到circHIPK3的调控 |
| 7.7 胃癌中circHIPK3-miR-124/miR-29b调控轴的靶基因呈现高表达 |
| 7.8 胃癌中circHIPK3-miR-124/miR-29b-mRNA调控轴的靶基因可作为患者生存期的预后标志物 |
| 第四章 讨论 |
| 全文小结 |
| 参考文献 |
| 附录1 缩略词 |
| 附录2 序列信息 |
| 附录3 胃癌与miR-29s关系研究一览 |
| 在学期间发表论文 |
| 致谢 |
| 附件 |
（9）S-腺苷甲硫氨酸（SAMe）对人肝内胆管癌细胞系ICC-9810增殖及迁移能力的影响及作用机制（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 1 材料及方法 |
| 1.1 细胞系 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要设备 |
| 1.4 实验方法 |
| 1.5.MSP方法 |
| 2. 统计学方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介及读研期间主要科研成果 |
| 致谢 |
（10）Wnt抑制基因甲基化与信号通路活化及胃癌预后的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 胃癌现状 |
| 1.1.1 胃癌流行病学 |
| 1.1.2 胃癌发生风险因素 |
| 1.1.3 胃癌的防治策略 |
| 1.2 Wnt信号通路简介 |
| 1.2.1 经典Wnt信号通路也称为Wnt/β-catenin/LEF/TCF途径 |
| 1.2.2 非经典Wnt信号通路 |
| 1.2.3 Wnts配体 |
| 1.2.4 Wnt受体 |
| 1.2.5 Wnt抑制基因 |
| 1.3 Wnt信号通路与胃癌 |
| 1.4 DNA甲基化研究概述 |
| 1.4.1 DNA甲基化简介 |
| 1.4.2 DNA甲基化检测方法综述 |
| 第二章 Wnt抑制基因甲基化在胃癌中的研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与仪器 |
| 2.2.1 样本收集 |
| 2.2.2 主要试剂: |
| 2.2.3 主要仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 DNA提取 |
| 2.3.2 新鲜组织样本总RNA的提取 |
| 2.3.3 亚硫酸氢盐对DNA样本进行预处理 |
| 2.3.4 目标基因启动子区的扩增 |
| 2.3.5 RNA表达检测 |
| 2.4 统计分析 |
| 2.5 实验结果 |
| 2.5.1 Wnt抑制基因启动子区甲基化检测方法的建立 |
| 2.5.2 Wnt抑制基因甲基化在胃癌与癌旁组织的比较 |
| 2.5.3 Wnt抑制基因SRP2和DKK2在胃癌中共发存在 |
| 2.5.4 Wnt抑制基因甲基化与mRNA表达 |
| 2.5.5 SFRP2与DKK2共发高甲基化与β-catenin表达相关 |
| 2.5.6 Wnt抑制基因甲基化与临床病理的关系 |
| 2.5.7 总生存期分析 |
| 2.5.8 DAC药物处理后Wnt抑制基因表达的恢复 |
| 2.6 讨论 |
| 第三章 DKK2基因在胃癌细胞中功能的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与仪器 |
| 3.2.1 主要材料与试剂: |
| 3.2.2 主要仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 过表达慢病毒克隆的制备 |
| 3.3.2 质粒抽提 |
| 3.3.3 慢病毒包装与质量检测 |
| 3.3.4 细胞培养 |
| 3.3.5 RNA及总蛋白提取与检测 |
| 3.3.6 Western Blot检测 |
| 3.3.7 CCK8细胞增殖实验 |
| 3.3.8 克隆形成 |
| 3.3.9 细胞凋亡实验 |
| 3.3.10 细胞迁移 |
| 3.3.11 细胞侵袭 |
| 3.4 统计分析 |
| 3.5 实验结果 |
| 3.5.1 克隆质粒的验证 |
| 3.5.2 病毒滴度检测 |
| 3.5.3 细胞系筛选 |
| 3.5.4 DKK2基因过表达的验证及对β-catenin的影响 |
| 3.5.5 细胞增殖 |
| 3.5.6 克隆形成 |
| 3.5.7 细胞凋亡 |
| 3.5.8 迁移实验 |
| 3.5.9 侵袭实验 |
| 3.6 讨论 |
| 第四章 Wnt信号通路在胃癌的整合分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 获取Wnt信号通路基因 |
| 4.2.2 TCGA数据的处理 |
| 4.2.3 甲基化数据的获取 |
| 4.3 统计分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 Wnt信号通路基因突变 |
| 4.4.2 Wnt信号通路mRNA表达异常 |
| 4.4.3 Wnt信号通路甲基化分析 |
| 4.4.4 Wnt信号通路甲基化异常基因筛选 |
| 4.5 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
四、肿瘤相关基因高甲基化与胃癌的研究进展（论文参考文献）
- [1]BSP测序检测青海地区汉、藏族胃癌患者中TGFBI的甲基化状态[D]. 赵琳. 青海大学, 2020(02)
- [2]遗传变异与胃癌预后全基因组关联研究[D]. 倪婧. 南京医科大学, 2020(06)
- [3]DNMT3B基因多态性与上皮性卵巢癌患者临床预后关系的研究[D]. 李雪萍. 河北医科大学, 2020(02)
- [4]凋亡相关基因BNIP3和DAPK1甲基化与胃癌发生发展、化疗疗效及预后关联研究[D]. 娄萧旗. 安徽医科大学, 2020
- [5]基于TCGA数据库的泛癌症代谢基因及其通路分析[D]. 史亚辉. 华南理工大学, 2019(02)
- [6]影响早期胃癌内镜切除术后胃癌再发的DNA甲基化研究[D]. 郭安兵. 青岛大学, 2019(02)
- [7]EphB6基因甲基化在胃癌中的调控作用的研究[D]. 吴樾. 福建医科大学, 2019(07)
- [8]环状RNA-微小RNA调控网络参与胃癌不同生长方式及疾病进展的研究[D]. 成佳. 厦门大学, 2019(08)
- [9]S-腺苷甲硫氨酸（SAMe）对人肝内胆管癌细胞系ICC-9810增殖及迁移能力的影响及作用机制[D]. 刘绍文. 皖南医学院, 2019(01)
- [10]Wnt抑制基因甲基化与信号通路活化及胃癌预后的相关性研究[D]. 王浩. 西北大学, 2017(06)