一、隐孢子虫SSU rRNA基因的巢式PCR-RFLP分析（论文文献综述）
陈立[1]（2020）在《三种肠道原虫在海南食蟹猴中的分布及人兽共患风险》文中研究表明隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）、毕氏肠微孢子虫（Enterocyotozon bieneusi）以及十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis,以下简称贾第虫）是三种常见的人兽共患寄生虫。这三种寄生虫除通过人-人和动物-人的直接途径感染人之外,也通过环境因素,如污染的饮用水、娱乐用水和灌溉用水等水源性传播,以及污染的菜蔬、渔产等食源性传播的方式感染人类。越来越多的研究发现,非人灵长类动物（NHPs）是这三种人兽共患病原的常见宿主,且感染非人灵长类动物的大多数基因型和亚型也存在于人类中,因此,非人灵长类动物是导致人类感染这些寄生虫的重要感染源之一。目前已有多个研究聚焦于动物园饲养的非人灵长类动物中,但少有研究探索这些病原体在集中养殖的灵长类动物中的遗传多样性和公共卫生意义。在本研究中,我们利用分子分型技术,对中国海南某商业食蟹猴（Macaca fascicularis）养殖厂的1452只非人灵长类动物,三种病原体的阳性率、虫种内部的基因型和亚型的遗传多样性进行研究,从而评估这些病原的人兽共患风险及其公共卫生意义。基于SSU rRNA位点的巢式PCR扩增,对样品中的隐孢子虫进行了阳性率和虫种检测。发现132（9.1%）个样品为隐孢子虫阳性。共发现4个隐孢子虫虫种,包括Cryptosporidium hominis（人隐孢子虫,86）、Cryptosporidiumparvum（微小隐孢子虫,30）、Cryptosporidium muris（鼠隐孢子虫,15）、和Cryptosporidium ubiquitum（泛在隐孢子虫,1）。利用gp60位点对C.hominis、C.parvum和Cubiquitum进行亚型区分仅20个样品被成功区分亚型,发现C.parvuw的亚型IIoA14G1（18）和IIdA19G1（2）属于两个已知的亚型家族。此外,C hominis仅54个样品被成功区分亚型,且大部分C.honiinis亚型属于新的亚型家族Im和In,分别与Ia和Id亚型家族基因相似,包括ImA18（38）、InA14（6）、InA26（6）、InA17（1）和 IiA17（3）。唯一一个C.ubiqui 0tumgp6阳性被证明属于XIId亚型家族。在腹泻个体中检测到的亚型主要是ImA18和IIoA14G1,而其余亚型多在无症状动物中发现。此外与C.parvum和C.ubiquitum相比,C.hominis具有较高的卵囊排泄强度,尤其是Im亚型家族的卵囊排泄强度高于其它亚型家族。基于ITS（internal transcribed spacer）位点的巢式PCR扩增,对样品中的毕氏肠微孢子虫进行了阳性率和基因型鉴定。共有461（31.7%）个样品为毕氏肠微孢子虫阳性。共检测到9个基因型,其中Type IV（236/461）、Peru8（42/461）、Pongo2（27/461）、Peru11（12/461）、D（4/461）和 PigEbITS7（1/461）在非人灵长类动物和人中都曾被发现过,而Macaque3（119/461）、CM2（17/461）和CM3（3/461）仅在非人灵长类动物中报道过。利用四个微卫星和小卫星位点对44个Type Ⅳ、24个Macaque3和20个Peru8阳性样品进行多位点基因分型（MLST）,在MSI、MS3、MS4和MS7位点扩增的成功率分别为81.8%（72/88）、80.7%（71/88）、86.4%（76/88）和 89.8%（79/88）。在 88 个样品中,有 53 个在4个位点都被成功分型。基于序列和等位基因数据的系统进化分析,这些毕氏肠微孢子虫的多位点基因型（MLG）被分为四个主要亚群（SPs）,非人灵长类动物宿主特异性基因型Macaque3的MLGs聚集在SP3和SP4中,表明这两个亚群是NHP宿主特异的。基于五个遗传位点的等位基因族谱数据存在基因内连锁不平衡（LD）和正的标准化关联指数（ISA）,表明了食蟹猴中的毕氏肠微孢子虫具有总体克隆性种群结构。个体基因位点间聚集的不一致,表明存在遗传重组现象。基于tpi（triosephosphate isomerase）,gdh（glutamate dehydrogenase）和bg（β-giardin）位点,对样品中的贾第虫进行了阳性率和基因型区分。通过PCR分析我们检测到了 469（32.3%）个贾第虫阳性样品。所有的贾第虫阳性样品的基因型都是集聚体B,在tpi,gdh和bg位点分别有8（4个已知亚型和4个新亚型）、7（6个已知亚型和1个新亚型）和7（4个已知亚型和3个新亚型）个亚型,检测到了 53个多位点基因型（MLG-B-hn01到MLG-B-hn53）。其中大部分基因型与旧世界猴子的基因相似。因此基于单位点的基因分型技术不能准确评估贾第虫的基因多样性和公共卫生意义,而基于多位点的基因分型技术使分型结果更可信。在本研究中具有腹泻症状的食蟹猴肠道寄生虫的感染率显着高于无腹泻症状个体,推测肠道原虫混合感染可能是加重食蟹猴腹泻症状的主要原因。同时幼龄食蟹猴更易感染肠道寄生虫,且多虫种感染个体大多是幼龄食蟹猴,对食蟹猴的饲养方式具有重要指导意义。以上结果有助于评估上述三种寄生原虫在集中养殖的食蟹猴中的的遗传多样性以及人兽共患风险,为控制这三种病原体在环境中传播和动物的健康养殖提供帮助。
王朋林[2]（2020）在《猪三种肠道原虫双重巢式PCR检测方法的建立与初步应用》文中提出猪囊孢球虫（Cystoisospora suis）、隐孢子虫（Cryptosporidium）、毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）常经粪口途径传播,流行范围广泛且危害严重。不仅给我国畜牧业造成了极大的经济损失,而且Cryptosporidium和E.bieneusi为人兽共患原虫,亦威胁到社会公共卫生安全。现仅有猪囊孢球虫（Cystoisospora suis）1个种被公认为是猪的囊孢属球虫,而且普遍认为该病原能够引发猪球虫病。且对于不同品种不同生长阶段的猪都可以感染,以糊状到水样的非出血性腹泻和明显的体重减轻为主要症状,其中对哺乳及断奶仔猪的危害最为严重,治疗不及时会导致僵猪或死亡。Cryptosporidium感染人和动物胃肠道后,通常表现为急、慢性腹泻,尤其对免疫缺陷综合症患者会引起白限性腹泻,严重者可导致死亡。一般情况下,感染E.bieneusi后,其患者/牲畜不会出现明显的临床症状,但HIV患者和免疫功能低下的儿童感染后经常会出现持续性腹泻并伴有发热、食欲下降和体重减轻等症状。仔猪感染E.bieneusi可导致吸收不良从而影响其生长发育。目前,针对这三种病原的检测主要是常规PCR方法,但在用该种方法进行一次PCR扩增时,只能检测出一种病原,在临床应用中费时费力。迄今为止,还没有关于同时检测Cystoisospora suis与Cryptosporidium/E.bieneusi的双重nest-PCR检测方法。因此,本研究旨在建立能够高效快速的同时检测Cystoisospora suis 与 Cryptosporidium/E.bieneusi的双重 nest-PCR 检测方法,为猪场检测这三种肠道病原提供技术手段。1.猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重巢式PCR检测方法的建立与初步应用参考文献引物,基于Cystoisospora suis SSU rRNA和E.bieneusi ITS基因序列,首先进行检测两病原的双重nest-PCR反应体系和反应条件优化,及特异性、敏感性、重复性试验和临床样品检测。结果显示,该方法两轮退火温度分别确定为57℃和55℃,且在Cystoisospora suis/E.bieneusi引物量的比为0.25/1.0 μL时能特异性扩增Cystoisospora suis（530 bp）和E.bieneusi（392 bp）,而 C.andersoni、G.duodenalis、Blastocystis、E.coli等无交叉感染现象,特异性良好;Cystoisospora suis和E.bieneuis的DNA最低稀释倍数分别为1×10-5和1×10-7,即最低DNA检测量分别为209×10-5 ng/μL和 527×10-7 ng/μL;且重复性试验良好。此外,分别应用单病原nest-PCR方法和双重nest-PCR对48份猪粪便DNA样品进行Cystoisospora suis与E.bieneusi扩增,结果表明,单病原nest-PCR和双重nest-PCR对Cystoisospora suis和E.bieneusi的检测结果差异不显着（P>0.05）。因此,本研究建立的可同时诊断出Cystoisospora suis和E.bieneusi的双重nest-PCR方法,不仅为猪场这两种肠道原虫病的诊断提供了技术手段,而且对防控该两种肠道原虫病具有重要意义。2.猪囊孢球虫和隐孢子虫双重巢式PCR检测方法的建立与初步应用参考文献引物,基于Cystoisospora suis与Cryptosporidium的SSU rRNA基因位点建立检测两病原的双重nest-PCR方法。首先对反应体系及条件的各项主要参数进行优化,并对建立的方法进行特异性、敏感性、重复性试验及临床样品检测,成功建立了Cystoisospora suis和Cryptosporidium双重nest-PCR方法。结果显示,退火温度最终确定为55℃,且在Cystoisospora suis/Cryptosporidium引物量的比为0.25/1.0μL时,所建立的Cystoisosapor suis与Cryptosporidium双重nest-PCR方法能分别扩增出530 bp和840 bp的特异性条带,且与E bieneusi,G.duodenalis、E.coli未出现交叉感染现象,特异性良好;Cystoisosporasuis和Cryptosporidium的DNA最低稀释倍数分别为1×10-4和1 ×10-3;即最低检测量分别为80.6×10-4 ng/μL和9.8×10-3 ng/μL;且重复性良好。用本试验建立的双重nest-PCR方法对62份猪粪便DNA样品进行Cystoisospora suis与Cryptosporidium扩增,结果显示,单病原nest-PCR和双重nest-PCR对Cystoisospora suis与Cryptosporidium检测结果无显着差异（P>0.05）。表明建立的Cystoisospora suis与Cryptosporidium双重nest-PCR方法可用于临床样品检测。
周春香[3]（2019）在《不同饲养模式下三个品种猪肠道寄生虫调查及隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫分子流行病学研究》文中研究指明中国是世界养猪大国,更是猪肉消费大国。据农业农村部公布的监测数据,2017年我国生猪存栏量为43325万头,出栏商品猪68861万头;2017年猪肉消费量5456.55万吨,人均猪肉消费量达39.76千克,占人均肉类消费结构的60%以上。所以,养猪业是我国农业中的重要产业,对保障肉食品安全供应有重要作用,是关系国计民生的大事,同时也是农村经济来源的重要组成部分。可感染猪的寄生虫种类繁多,在养猪生产中猪感染寄生虫十分普遍,给养猪业造成严重的经济损失。有些寄生虫还可以感染人体,对人类健康和生命安全产生很大威胁。中国种猪资源丰富,有很多优质地方猪种,如藏猪、豫南黑猪、民猪、太湖猪等。此外,为了满足不同人群的消费需求,还引进多个外来品种,如长白猪、杜洛克猪、约克夏猪等。因地域条件因素,中国多种养猪模式并存,有原始放牧模式、养殖场散养模式、公司集约化养殖模式等。在不同饲养模式下、不同地理区域、不同品种猪的寄生虫感染与流行有何不同,为此本文在西藏林芝米林县、工布江达县和河南三门峡、开封市等4个地区,对不同饲养模式条件下3个品种猪（藏香猪、豫南黑猪、长白猪）的肠道寄生虫感染情况进行调查,对猪隐孢子虫虫种和毕氏肠微孢子虫基因型进行鉴定,以及人兽共患风险和种系进化关系进行分析,为该地区制定猪寄生虫病的防控策略奠定理论基础,为保障公共卫生与健康提供科学依据,同时也丰富猪寄生虫病的流行病学资料。1河南省和西藏林芝地区猪肠道寄生虫感染情况调查采集了河南省（开封长白猪229份和三门峡豫南黑猪246份）和西藏林芝地区（工布江达县藏香猪225份和米林县藏香猪490份）4个区域的1190份新鲜猪粪便样本,采用卢戈氏碘液法和饱和蔗糖溶液漂浮法对粪便样品进行寄生虫检查,共检出5种寄生虫:猪蛔虫（Ascaris suis）、食道口线虫（Oesophagostomum ssp）、猪毛尾线虫（Trichuris suis）、猪等孢球虫（Isosp ora suis）和阿米巴原虫（Amoeba protozoa）,感染率分别为15.71%、11.17%、1.09%、19.07%和26.72%。总的猪肠道寄生虫感染率为51.59%（614/1190）。西藏林芝地区的感染率为64.34%,河南地区的感染率为32.42%。自然放牧养殖模式寄生虫感染率为90.10%,分别高于散养模式（60.10%）、集约化养殖模式（37.99%）和阶段放养模式（28.86%）的猪。藏香猪、豫南黑猪和长白猪的寄生虫感染率分别为64.34%、27.23%和37.99%。感染的优势虫种,在自然放牧模式和集约化养殖模式均为猪等孢球虫和阿米巴原虫,在散养模式为阿米巴原虫和猪蛔虫,在阶段放养模式为猪等孢球虫和食道口线虫。自然放牧和散养猪均可发生2～4种寄生虫的混合感染,而集约化养殖和阶段放养猪未发现3种及以上寄生虫的混合感染。结论:猪肠道寄生虫的感染及感染的优势虫种与猪饲养模式、猪品种和地理区域有直接关系。2河南省和西藏林芝地区猪隐孢子虫的分子流行病学研究隐孢子虫体积微小,卵囊呈圆形或椭圆形,直径4～6 μm。因显微镜检测方法的准确率较低,故采用分子检测方法,提取1190份新鲜猪粪便样品的DNA,PCR扩增隐孢子虫（Cryptosporidium）SSU rRNA基因并进行序列分析,结果发现23份样品呈Cryptospoidium阳性,总感染率为1.93%（23/1190）。长白猪隐孢子虫感染率为8.30%（19/229）,明显高于地方品种藏香猪0.42%（3/715）和豫南黑猪0.41%（1/246）;保育阶段仔猪（1～2月龄）隐孢子虫感染率为4.36%（21/482）,明显高于哺乳阶段（<1月龄,0.21%,1/467）和育肥阶段（>2月龄,0.41%,1/241）的猪（P<0.01）;集约化养猪模式隐孢子虫感染率为8.30%（19/229）,明显高于自然放牧（0%,0/101）、散养（0.49%,3/614）和阶段放养（0.41%,1/246）等饲养模式的猪;河南省猪隐孢子虫的感染率为4.21%,高于西藏地区的猪（0.42%）（P<0.01）。在1头哺乳仔猪（<1月龄）和1 1头保育仔猪（1～2月龄）的粪便样品中检测到C.suis,在10头保育仔猪（1～2月龄）和1头育肥猪（>2月龄）检测到C.scrofarum。分离到的12个C.suis（52.17%,12/23）和11个C.scrofarum均为种类单独感染（47.83%,11/23）,无混合交叉感染。结论:猪隐孢子的感染及感染的种类与猪品种、饲养模式、日龄（或饲养阶段）及所在地理区域有直接关系,C.suis主要感染2月龄以下仔猪,C.scrofarum主要感染2月龄及以上的大猪。3河南省和西藏林芝地区猪毕氏肠微孢子虫的分子流行病学研究毕氏肠微孢子虫同隐孢子虫一样是一类个体微小的人兽共患肠道寄生原虫,因显微镜检测方法准确率低,实验室常采用分子检测方法。提取1190份新鲜猪粪便样品的DNA,PCR扩增毕氏肠微孢子虫（Entercorytozoon bieneusi）ITS基因,并对MS1、MS3、MS4和MS7位点进行多位点序列分析。结果发现猪E.bieneusi的总感染率为54.2%（645/1190）。在西藏工布江达县猪的感染率为41.3%（93/225）,西藏米林县为44.1%（216/490）,河南三门峡地区75.6%（186/246）,河南省开封地区65.5%（150/229）。西藏藏猪感染率为43.2%（309/715）,豫南黑猪感染率75.6%（186/246）,长白猪感染率65.5%（150/229）。自然放牧模式感染率为13.9%（14/101）,养殖场模式感染率为57.9%（631/1089）,两者之间有显着差异（P<0.01）。60日龄以上的感染率为94.6%（228/241）,30～60日龄的感染率为64.3%（310/482）,30日龄以下的感染率为44.3%（207/467）,三者间差异显着（P<0.01）。将获得的序列校准比对后共发现10种E.bieneusi基因型,其中8个为已报道的基因型（EbpC,EbpA,CHG19,CHC5,Henan-Ⅲ,I,D和H）,2个为新基因型（XZP-Ⅰ和XZP-Ⅱ）。基于对小卫星/微卫星位点MS1、MS3、MS4和MS7上进行多位点序列分型,分别获得18、7、16和13个基因型。通过强连锁不平衡（LD）和重组事件分析,显示本研究检测到的猪E.bieneusi种群为克隆性群体结构。群体间成对遗传距离（FST）和基因流（Nm）均较低,表明来自不同寄主的E.bieneusi群体的基因流动有限,系统发育分析、基因结构分析和遗传网络分析结果均显示存在寄主适应性和地理隔离。结论:猪E.bieneusi的感染与猪饲养模式、日龄有直接关系,猪E.bieneusi不同基因型的分布具有广泛流行性、宿主适应性、地理区域隔离性和人兽共患潜力的存在。
张晓,吕静婷,杨璐璐,孙宗科,王友斌,丁培,武利平,丁珵,毛怡心,李霞[4]（2019）在《基于SSU rRNA基因的巢氏PCR隐孢子虫系统发育研究》文中指出目的鉴定由安徽某地鸭粪便中分离到的隐孢子虫虫种,并完善隐孢子虫DNA提取方法。方法对比液氮反复冻融提取DNA方法及普通DNA提取方法。对由某地区鸭粪便中分离到的隐孢子虫提取DNA,并对其SSU r RNA基因进行巢式PCR扩增,通过序列比对分析和构建系统进化树,解析隐孢子虫的种属关系。结果液氮反复冻融法更易于提取隐孢子虫DNA。该地区鸭粪便感染的隐孢子虫为贝氏隐孢子虫（Cryptosporidium baileyi,C.baileyi）。结论液氮反复冻融提取DNA方法对于检测被隐孢子虫感染的动物粪便切实有效。该地区的鸭存在贝氏隐孢子虫感染,需引起养殖者的重视。
张宽宽[5]（2019）在《新疆部分地区新生犊牛微小隐孢子虫流行病学调查》文中研究指明随着我国养牛业集约化养殖不断加快,犊牛腹泻防控已成为亟待解决的重要问题。微小隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）是重要的人兽共患机会性致病原虫,是目前公认的引起犊牛腹泻的四种主要病原之一,在世界范围内流行广泛。牛被认为是导致人类人畜共患微小隐孢子虫病的主要宿主,且与许多人类介水隐孢子虫病的爆发有关,具有较大的人兽共患风险。本研究从奶牛业生产实际出发,对新疆部分地区新生犊牛微小隐孢子虫进行流行病学调查,掌握新生犊牛微小隐孢子虫的感染情况及流行特点,可为了解微小隐孢子虫在动物和人之间传播的潜在危害性、传播动态,以及为我国新疆奶牛源微小隐孢子虫流行病学研究及防治提供基础资料。（1）于2017年9月至2018年7月期间,采用饱和蔗糖溶液漂浮法、改良抗酸染色法、巢式PCR、PCR-RFLP分析和隐孢子虫SSU rRNA基因序列分析,对新疆乌什、阿拉尔、温宿、石河子、呼图壁、铁门关和奎屯7个地区12个集约化奶牛养殖场232头1月龄内新生犊牛粪便进行微小隐孢子虫感染情况调查。显微镜检查发现隐孢子虫直径46μm,具有蓝紫色的折光性,呈卵球形或椭圆形,具有1个大的残体和4个子孢子;经改良抗酸染色法染色后,隐孢子虫卵囊呈玫瑰红色,周边背景呈淡蓝色。基于SSU rRNA基因对12个奶牛场的232头1月龄内新生犊牛粪便DNA样品进行巢式PCR扩增,隐孢子虫总体感染率38.4%,微小隐孢子虫感染率为37.9%,研究发现腹泻和未腹泻犊牛之间微小隐孢子虫感染率在统计学上存在极显着差异（P<0.001）。基于SSU rRNA基因的RFLP分析和序列分析,共鉴定出3种隐孢子虫虫种:微小隐孢子虫、牛隐孢子虫和瑞氏隐孢子虫,其中微小隐孢子虫是优势感染虫种,在研究区域新生犊牛中普遍存在,具有较大的人兽共患风险。（2）于2017年9月至2018月9月期间,对新疆南疆阿克苏地区两规模化牛场进行了1年的跟踪调查,采用方差齐性分析发现微小隐孢子虫感染率季节性差异不明显（P>0.05）,十团牛场微小隐孢子虫感染无季节差异（P>0.05）,五团牛场夏季和冬季微小隐孢子虫感染率存在差异（P=0.044）。
廖聪[6]（2019）在《湖北省部分地区鸟类隐孢子虫分子流行病学调查》文中指出隐孢子虫（Cryptosporidium）是一种呈全世界分布,危害严重的人畜共患寄生性原虫,可感染人类和其他多种脊椎动物。隐孢子虫卵囊可通过直接接触感染的人或动物或者通过受污染的水和食物传播,造成以腹泻为主要特征的隐孢子虫病,给人类健康带来了巨大威胁。其中火鸡隐孢子虫（Cryptosporidium meleagridis）是造成人类隐孢子虫病的主要虫种之一,也是感染鸟类的主要虫种,其在鸟类和人之间横向传播的报道已见于瑞士和秘鲁。此外,本课题组近期在湖北省武汉市医院的腹泻儿童样本中,也检测到了C.meleagridis病原的存在。因此我们开展了湖北省鸟类隐孢子虫的分子流行病学调查,来探究腹泻儿童感染C.meleagridis的来源,以及鸟类传播该人畜共患疾病的风险。本研究根据样品来源主要分为以下两个部分:1.2017年7月到11月,从湖北省六个不同地理区域（黄冈、随州、武汉、仙桃、襄阳和宜昌）的14个大中型养鸡场中采集471份新鲜粪便样本。基于SSU基因,GP60基因位点采用巢式PCR方法对所有样品进行扩增,阳性结果经测序和遗传进化分析。结果显示,隐孢子虫总流行率为10.2%（48/471）,并鉴定出Cryptosporidium baileyi（33/471;7.0%）和C.meleagridis（15/471;3.2%）两个虫种。不同年龄组的蛋鸡均有隐孢子虫感染,其中C.meleagridis在月龄较小（<4月龄）的动物样品中呈现出更高的阳性检出率,而C.baileyi则没有表现出年龄相关的显着性差异。通过对获得的GP60扩增子序列数据进行C.meleagridis亚型分析,鉴定到来源于两个亚型家族（IIIb和IIIe）的6个新亚型,分别为IIIbA22G1R1c,IIIbA23G1R1d,IIIbA26G1R1b,IIIeA17G2R1,IIIeA19G2R1和IIIeA26G2R1。值得注意的是,其中IIIbA22G1R1c和IIIbA26G1R1b两个亚型之前在武汉腹泻儿童中检测出来,且在本次研究的规模化养殖动物中也鉴定出具有高度同源性（92.7-100%）的亚型序列。这表明,这两个亚型具有在鸡和人之间横向传播的能力,这提高了人们对鸟类作为人畜共患隐孢子虫病可能宿主的重要性的认识。2.上一个调查证实了湖北地区可能存在C.meleagridis在人-鸟之间的传播,我们进一步对武汉市宠物鸟的隐孢子虫感染情况进行了分子流行病学调查。从2018年8月至12月,在武汉市的11个宠物鸟市场共采集322份来源于6个目、44个种的鸟类粪便样品。基于SSU基因,GP60基因位点采用巢式PCR方法对采集的所有样品进行扩增,阳性结果经测序和遗传进化分析。结果显示,隐孢子虫的总流行率为20.2%（65/322）,包括C.baileyi（n=29）,C.galli（n=3）,C.meleagridis（n=7）,C.muris（n=1）,avian genotype III（n=12）和avian genotype V（n=13）。15种雀鸟样本测试呈阳性,有趣的是,C.galli的感染只发生在雀形目的鸟类,avian genotype III/V主要感染鹦形目的鸟类。此外,鸽子首次被检测到C.muris的感染,鸵鸟被首次检测到avian genotype V的感染。Cryptosporidium meleagridis亚型分型的系统发育分析表明,只鉴定到一个亚型（IIIeA17G2R1）的存在,这个亚型与许多来源于鸟类的序列聚类,而与来源于人类的序列包括武汉腹泻儿童的C.meleagridis亚型序列距离较远。综上所述,本课题是湖北省首次鸡和宠物鸟隐孢子虫分子流行病学和遗传进化分析的研究,提供了该地区鸟类隐孢子虫感染的可靠数据。研究表明,鸟类是人类感染人畜共患隐孢子虫病的潜在宿主,这强调了对中国其他地方的人类和鸟类中隐孢子虫,特别是C.meleagridis进行大规模分子流行病学研究的必要性。而在中国经济增长最快的地区之一（湖北）,还需要进一步在一系列动物（如反刍动物、食肉动物和鱼类）中研究隐孢子虫虫种、基因型和基因亚型的流行情况。
刘珍珍[7]（2018）在《猪等孢球虫、贾第虫双重巢式PCR方法和隐孢子虫基于Lectin基因的PCR方法的建立》文中进行了进一步梳理猪等孢球虫是猪场防治的主要寄生虫之一,对仔猪的致病性较强,常导致仔猪腹泻和体重降低。成年猪常呈隐性感染或携带者,可对仔猪健康造成潜在威胁,患病仔猪可继发其他肠道疾病,对发病猪场造成重大经济损失。贾第虫是另一种重要的肠道寄生虫,具有人兽共患性。其感染猪病例已被很多国家报道,表明贾第虫病猪可作为十二指肠贾第虫感染人的传播来源。对猪场进行贾第虫和猪等孢球虫感染的调查,在防控猪的两虫病上有重要意义。目前,对这两种寄生虫的检查常用的是显微镜形态学检测和单病原PCR检测。传统的显微镜检测方法对操作者技术水平和经验有较高要求,且阳性检出率不高;而PCR检测法虽然灵敏度高但同时检测多个病原时,却需对一份样品多个虫种不同基因位点分别扩增和检测,耗时费力。故寻找一种能同时检测出两种虫的灵敏度高的双重PCR检测方法,可有效地提高检测效率。因此,本研究分别针对贾第虫GDH基因和猪等孢球虫SSU rRNA基因,建立并优化了一套灵敏度高、特异性强的双重巢式PCR方法,并使用该方法对我国河南省部分地区猪场的猪等孢球虫和贾第虫感染情况进行了流行病学调查,为了解猪等孢球虫和贾第虫在猪场中的流行情况提供了理论依据。隐孢子虫是另一种重要的人兽共患性原虫,主要引起肠胃炎和急慢性腹泻,世界各地广泛流行。现有的隐孢子虫基因分型和亚型分型工具已将隐孢子虫分为36个种,70多个基因型,但仍有其局限性。对于和人隐孢子虫（C.hominis）SSU rRNA基因相似的兔隐孢子虫（C.cuniculus）、horse genotype、donkey genotype、来自袋鼠的与C.hominis完全相似的隐孢子虫,及其人和不同动物来源的C.parvum之间的区分依靠现有的分型工具,仍难以区分出动物来源和不同虫株间的差异。而Lectin基因作为分型工具时发现不同隐孢子虫种类在该位点的序列不同,尤其是不同种隐孢子虫有数量不等的CAA三联密码子重复序列。根据其他原虫相关研究,如溶组织阿米巴凝集素蛋白对阿米巴致病力的影响,推测该基因编码的蛋白可影响隐孢子虫的入侵、繁殖和致病力。因此,该基因位点极有可能成为人兽共患隐孢子虫的分类和遗传研究的有效得力的工具。1猪等孢球虫和贾第虫双重巢式PCR检测方法的建立和应用为同步检测引起猪腹泻的猪等孢球虫和贾第虫这两种重要的肠道寄生虫,本研究分别针对猪等孢球虫SSU rRNA基因和贾第虫GDH基因建立并优化了一套双重巢式PCR方法。结果显示:双重巢式PCR对GDH和SSU rRNA扩增的产物大小分别为432bp和530bp。该双重巢式PCR对贾第虫和猪等孢球虫的敏感性分别为5.51pg·μL-1和385fg·μL-1,表明该双重巢式PCR的敏感性较高。临床检测:用优化好的双重巢式PCR对53份临床样品进行检测,结果显示:双重巢式PCR扩增猪等孢球虫阳性率为20.7%（11/53）,贾第虫阳性率为5.7%（3/53）,混合感染阳性率为3.8%（2/53）;单病原PCR检测与双重巢式PCR检测结果相差不大,无统计学意义（P>0.05）。该双重巢式PCR方法可以用来对猪十二指肠贾第虫和猪等孢球虫进行快速准确地检测。2河南省部分地区猪等孢球虫和贾第虫的分子流行病学调查为了解河南省部分地区猪等孢球虫和贾第虫的分子流行情况,共采集212份猪粪便样品,分别采用单巢式PCR方法和本试验所建立的双重巢式PCR方法特异性扩增猪等孢球虫SSU rRNA基因和贾第虫GDH基因片段。结果显示,猪等孢球虫和贾第虫的总体阳性率为25.9%（55/212）,猪等孢球虫的总感染率为20.3%（43/212）,贾第虫的总感染率为5.7%（12/212）,两种虫的混合感染率为2.8%（6/212）。所有场都至少感染一种虫种。仔猪阶段猪等孢球虫和贾第虫的感染率最高35.8%（39/109）,育肥猪阶段最低3.4%（1/29）,表明不同年龄段间猪等孢球虫和贾第虫感染情况差异较大;正阳县某猪场猪等孢球虫和贾第虫的总阳性率最高为45.5%（5/11）,许昌市某猪场的阳性率最低为17.9%（7/39）,表明不同地区猪等孢球虫和贾第虫的感染差异较大。以上结果表明,猪等孢球虫和十二指肠贾第虫在我国猪场中猪的感染率较高,分布较为广泛,需进行更深入的流行病学调查,以期为猪等孢球虫病和贾第虫病的防控提供合理的实验依据。3隐孢子虫基于Lectin基因PCR鉴定方法的建立为了解隐孢子虫凝集素基因在不同分离株的序列差异及其遗传进化关系,以SSU rRNA基因作参照,评价Lectin基因位点作为隐孢子虫基因分型和进化关系分析的可行性。对实验室分离保存的多份隐孢子虫分离株分别在Lectin和SSU rRNA位点处采用巢式PCR方法进行扩增。并用ClustalX对扩增序列与参考序列进行比对,用MEGA5中的邻近法（Neighborjoiningmethod NJ）,进行进化树的构建。结果显示:基于Lectin基因位点,在C.parvum,C.hominis,C.cuniculus及其在SSU rRNA处与人源C.hominis极为相近的horsegenotype,驴源C.hominis均成功扩增出了大小在450bp左右的目的条带,并进行了进化树的分析,不同种类和同种不同动物来源的隐孢子虫分布在不同的分支上。结论:Lectin基因位点可很好地区分SSU rRNA序列极为相似的几种隐孢子虫,有望为人兽共患隐孢子虫分类和遗传研究提供新的基因靶标。
黄成琛[8]（2018）在《上海原水、生活污水和溢流污水中三种常见水源性病原的污染情况》文中提出隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）、十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）和毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）是三种重要的水源性寄生虫,在世界范围内引起了90%以上水源性疾病的暴发。然而,这些病原在不同水体中的分布和传播的研究大多在发达国家开展,在发展中国家开展的研究较少。本研究采用分子生物学方法,对上海原水、生活污水和溢流污水中的隐孢子虫、十二指肠贾第虫和毕氏肠微孢子虫进行了基因分型、污染特征分析和对人群的致病风险评估。分别采用絮凝和离心的方法,对原水和生活污水中的水源性病原进行浓缩。采用巢式PCR结合测序的方法,分别基于SSU rRNA基因;triosephosphate isomerase（tpi）、β-giardin（bg）和 glutamate dehydrogenase（gdh）基因;以及 internal transcribed spacer（ITS）位点,对隐孢子虫、十二指肠贾第虫和毕氏肠微孢子虫进行阳性率的检测,以及虫种或基因型的鉴定。对隐孢子虫阳性样品,进一步基于glycoprotein 60（gp60）位点鉴定其基因亚型。此外,对泛在隐孢子虫阳性样品采用多位点序列分型的方法获得其多位点亚型。为了研究这些病原在上海黄浦江原水中近年的污染情况,本研究于黄浦江漂流死猪事件暴发的2013年,暴发之后的2014年,以及金泽水库建成的2016年分别采集了原水样品各106,72和78份。对这些样品均进行了贾第虫检测,还对2016年的原水样品进行了隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的检测。课题组前期研究表明,2013和2014年黄浦江原水样品中隐孢子虫的阳性率分别为53.8%和13.9%,毕氏肠微孢子虫的阳性率分别为33.9%和27.8%。本研究的结果表明,隐孢子虫和微孢子虫在2016年的阳性率分别为0%和1.3%,而贾第虫在2013、2014和2016年的阳性率分别为22.6%,13.9%和5.1%。由此可见,这些病原在上海原水中的阳性率呈逐年下降趋势,并且死猪的投放导致了水源性寄生虫病原的高污染,而水库的建成可能是这些寄生虫病原在黄浦江中的污染率降低的原因之一。另外,由于黄浦江原水中检测到的十二指肠贾第虫和毕氏肠微孢子虫的基因型主要为A2和D,均为人兽共患基因型,因此对当地民众存在一定的致病风险。为了研究上海生活污水中的水源性寄生虫病原的基因型分布及致病风险,本研究对2009年采集的110份污水水样进行了隐孢子虫、十二指肠贾第虫和毕氏肠微孢子虫的检测。结果表明隐孢子虫、贾第虫和毕氏肠微孢子虫的阳性率分别为7.3%,82.5%和98.2%。水样中总共发现了3个隐孢子虫虫种,3个贾第虫（亚）聚集体和9个毕氏肠微孢子虫基因型,其中优势虫种和基因型,如人隐孢子虫、十二指肠贾第虫聚集体A和毕氏肠微孢子虫的基因型D,均具有感染人或人兽共患的特点。这些结果表明上海地区的生活污水如果处理不当,具有污染当地水源的风险。由于下暴雨时生活污水会以溢流的形式进入河道,而不进入当地的污水处理系统,因此我们进一步研究了上海溢流污水中这些寄生虫病原的阳性率和基因型,并与同期采集的生活污水中的分布结果进行了对比。共采集暴雨后的溢流污水和生活污水样品各40份。在溢流污水和生活污水中,隐孢子虫阳性率分别为30.0%和37.5%,贾第虫阳性率分别为82.5%和80.0%,毕氏肠微孢子虫阳性率分别为92.5%和100%。本研究中共发现10个隐孢子虫虫种、3个贾第虫聚集体、和8个毕氏肠微孢子虫基因型。除人隐孢子虫和微小隐孢子虫这两个主要感染人的虫种外,本研究还发现了两个新发感染人的虫种:泛在隐孢子虫和旅行者隐孢子虫,并发现了泛在隐孢子虫的两个新的亚型家族。本研究发现的贾第虫的AⅡ亚聚集体包含的基因型和属于group 1的毕氏肠微孢子虫基因型,均为已知的可以感染人的基因型。与生活污水中病原的分布相比,这些病原在溢流污水中呈现高阳性率,并且其中的优势基因型具有人兽共患的特点,表明溢流污水可能是地表水中寄生虫病原的潜在污染源。以上结果表明,上海地区的原水、生活污水和溢流污水中均存在人兽共患的水源性寄生虫病原,且溢流污水中这些病原的污染较为严重,具有一定的致病风险。本研究为了解上海地区水源性病原的环境传播特征和以及对当地饮用水水质的影响提供了理论基础。
王元非[9]（2014）在《多位点序列分型技术在揭示隐孢子虫和贾第虫传播特征中的应用》文中认为隐孢子虫（Cryptosporidium）和贾第虫（Giardia）是能够在人类和多种脊椎动物中进行共患传播的重要寄生虫,常常导致腹泻症状,严重危害着人类和动物的健康。由这两种寄生虫引发的寄生虫病曾在世界的多个国家和地区暴发流行,因此隐孢子虫病和贾第虫病已然成为重要的世界性公共卫生安全问题。多位点序列分型技术（MLST）由于可从多个位点分析亚型的遗传特征,因此被广泛用于群体遗传结构和亚型传播动态的分析。然而,目前采用MLST技术对这两种寄生虫在易感儿童,尤其是福利机构中的流行传播情况却报道较少,并且人们对于重要的人兽共患虫种-火鸡隐孢子虫（C meleagridis）的研究也相对较少,对于它的群体遗传结构类型以及能否跨种传播的信息了解不多。本课题采集了62份来自儿童、艾滋病病人和鸟类的C. meleagridis样本用于进行群体遗传学分析。首先基于SSU rRNA基因使用PCR-RFLP结合测序确定这些样本的虫种,并采用MLST技术对gp60、 CP47、 MSC6-5、RPGR、 TSP8等5个多态性位点进行遗传多样性及群体遗传结构的研究。在gp60、 RPGR、 MSC6-5、 TSP8、 CP47这5个基因位点分别发现了8个、3个、3个、2个和1个独特的基因亚型,并且所有基因位点间呈现完全的连锁不平衡。所得到的亚型被分为两个组,大多数位于组1,并且在组1内的亚型无明显的群体分化,属于组1的14个MLST基因型中有2个在艾滋病病人和鸟类中均被发现。这些实验结果首次阐释了C. meleagridis为克隆性群体遗传结构类型,并提供了C. meleagridis可以在人类和鸟类之间发生跨种传播的证据。本课题还采集了396份福利院儿童的样本,对样品中隐孢子虫和贾第虫进行检测,基于SSU rRNA基因对隐孢子虫的阳性率进行判断,进一步采用MLST技术在gp60、CP47、 CP56、 MSC6-7、 RPGR、 hsp70和DZ-HRGP这7个多态性位点进行隐孢子虫的亚型多样性分析。基于tpi、 bg和gdh三个基因位点,采用MLST技术对贾第虫的阳性率和亚型多样性进行分析。发现这两种寄生虫的阳性率分别为9.85%（39/396）和30.30%（120/396）。通过对虫种/基因型的分析发现,隐孢子虫和贾第虫均为单一亚型,其中隐孢子虫为人隐孢子虫（C. hominis）虫种的IaA14R4亚型,贾第虫为蓝氏贾第虫（G. duodenalis）的A2基因型。进一步采用MLST技术进行亚型分析,发现有16个C. hominis样本被分成了2个亚型,其中有15个样本的亚型信息完全一致,只有1个样本在hsp70基因位点中发生了1个点突变；120个贾第虫样本被分成了3个亚型,其中属于AII-1基因型的有83个,AII-8基因型的有33个,AII-13基因型的有4个。AII-1基因型在3批样本中均为优势亚型,AII-8基因型仅在第1批和第3批样本中被发现,而AII-13基因型仅在第1批样本中被发现。这些基因型的分布特点说明了在该福利院中存在着多个贾第虫的来源,并且AlI-1基因型在该福利院中呈现出较为稳定的传播态势。结合两种寄生虫较高的感染率、感染虫种/基因型单一以及被感染儿童年龄分布等特点,推断在该福利院中存在隐孢子虫和贾第虫暴发的情况。以上研究结果对于阐明C. meleagridis的人兽共患性以及儿童感染隐孢子虫和贾第虫的流行特征具有重要意义,对于推动多位点序列分型技术在隐孢子虫和贾第虫传播研究中的应用具有积极作用。
菅复春[10]（2012）在《中国部分地区马属动物隐孢子虫、贾第虫第虫分子流行病学》文中提出隐孢子虫是一种重要的人兽共患原虫病病原，可以感染260多种脊椎动物，主要引起肠胃炎和急慢性腹泻为主的隐孢子虫病，已在106个国家的人群中发现隐孢子虫病的流行。隐孢子已成为人类6种常见腹泻病的病原之一，同时它也是150种水传疾病病原中最重要的一种。很多动物是人兽共患隐孢子虫的宿主和人感染隐孢子虫的来源。贾第虫是全球分布的脊椎动物普遍存在的肠道寄生虫，该虫主要是通过食物或者饮水传播，可引起动物腹泻，也是人类常见的腹泻病原之一。多种动物如家养和野生反刍动物及犬、猫、兔及其他啮齿动物等是人兽共患贾第虫的贮存宿主，因此，动物的隐孢子虫和贾第虫流行情况和基因型分布受到人们的重视。为研究我国马属动物中隐孢子虫和贾第虫临床感染情况及其公共卫生意义，从2008-2011年间，从河南，山东，内蒙古，甘肃，河北，四川等省区的部分地区分别采集驴、马、骡粪便样品1063、203、36份，经饱和蔗糖溶液漂浮法和卢戈氏碘液染色法检查，共发现寄生虫阳性粪样921份，其中球虫、蛔虫、圆线虫、绦虫、其他寄生虫卵/卵囊/包囊感染率分别为7.14%、12.6%、55.99%、3.53%、4.53%，两种及其以上寄生虫混合感染率2.58%。不同来源的马属肠道寄生虫的阳性率从31.94%-100%之间，总阳性率为70.74%，各地马属动物肠道寄生虫混合感染率从0-70%不等。内蒙古军马场的军马感染率最低为31.94%，混合感染率为2.08%。骡的线虫和隐孢子虫的感染率较马、驴的低。6月龄以下的马属动物隐孢子虫和线虫的感染率分别为29.21%和86.14%，较6-12月龄和成年动物高；集中养殖方式马属动物各种寄生虫的感染率均高于农村散养动物。本次调查共检出隐孢子虫疑似样品222（17.5%）份，感染强度较低，以幼龄马属动物感染率较高。马属动物的隐孢子虫近圆形，大小在5μm左右。用基于SSU rRNA基因的PCR-RFLP分析鉴定以及DNA序列分析鉴定技术对上述222份隐孢子虫阳性或疑似样品进行基因分型，结果发现，222份阳性和疑似样品有114份扩增出目的条带，占调查总数的8.76%。其中51个样品进行序列测定。经RFLP分析和种系发育分析，共鉴定出6个隐孢子虫种类/基因型：Cryptosporidium donkey genotype，C. parvum，horse genotype， C. cuniculus基因型， Cryptosporidium pig1，ferret genotype。其中新基因型有86个样品，donkey genotype为优势种类，其次为C. parvum共12个样品。2个样品属于horse genotype,2个为C. cuniculus，2个为Cryptosporidium pig1。在12个C. parvum样品中，驴的样品占到9份为72.73%，马的样品为27.27%，表明马和驴的隐孢子虫均有人兽共患隐孢子虫种类。donkey genotype是6月龄以下驴驹感染的主要隐孢子虫种类，两个horsegenotype样品均来自驴驹。本试验发现驴是自然感染隐孢子虫C.cuniculus和ferret genotype的新宿主。经SSU rRNA基因扩增鉴定的阳性样品进一步用gp60基因进行亚型分型，发现获得的扩增产物分属三个不同的亚家族：IId、VI和一个新的亚型家族，按照gp60亚型的命名原则将新亚型命名为XII；三种不同亚家族中，共发现四个亚型：horse genotype家族VI中两个样品均是VIA11G3亚型，IId亚家族中两个样品均属IIdA19G1，在新家族中，有两个样品属于XIIA16亚型，其余19个都为XIIA16G1亚型。所属XII家族样品数量为21个，占84%，其余两个亚型所占比例各为8%，和基于SSU rRNA的分类结果一样，donkey genotype为优势种类。其中horse genotype、IIdA19G1是人兽共患隐孢子。基因亚型XIIA16、XIIA16G1是新发现的驴隐孢子虫基因亚型，而且在成功扩增的25个gp60样品中，XIIA16G1是优势亚型，该亚型对动物的致病力、是否对人具有感染性尚不明确，需要进一步的试验探索。对部分驴粪样品进行贾第虫TPI基因和GDH基因扩增并测序，共有4份TPI基因阳性，7份GDH基因阳性，经搜索同源序列、ClustalX1.83比对、phylip3.69进化分析，发现扩增出的4个TPI序列中的3个属于聚集体BIV，与聚集体BIV仅有2个碱基的变异；另一个TPI阳性样品属于聚集体AI。扩增的7个GDH序列均属聚集体BIV，两个基因位点分析的共8个贾第虫样品均属于人兽共患的聚集体A、B，这与文献报道的马的贾第虫主要种类为聚集体E有明显差别。以上研究探明了我国部分地区马属动物肠道寄生虫感染总阳性率70.74%，其中圆线虫，球虫，蛔虫分别为55.99%，7.14%、12.6%。隐孢子虫阳性和疑似阳性率为17.5%，经SSU rRNA基因鉴定的阳性率为8.76%。马属动物尤其是驴隐孢子虫基因分型显示有6个隐孢子虫种类/基因型，其中donkey genotype为新基因型，同时也是我国驴感染的优势虫种，C. parvum，horse genotype为人兽共患种类/基因型，而C.cuniculus和ferret genotype的检出表明驴为这两个种类的新宿主。gp60亚型分析共发现3个不同亚型家族，4个亚型：IIdA19G1、VIA11G3、XIIA16、XIIA16G1，后两者是首次发现的驴隐孢子虫亚型。马属动物贾第虫基因分型结果发现两个基因型：聚集体AI和BIV，后者是优势亚型。尽管donkey genotype生物学特性如是否具有人兽共患性尚不清楚，但C. parvum和horse genotype的及贾第虫聚集体AI和BIV的发现表明我国马属动物是人隐孢子虫和贾第虫感染的贮存宿主，其中C. parvum IIdA19G1也是河南人隐孢子虫流行的亚型。因此，虽然马属动物隐孢子虫和贾第虫的感染率不高，感染强度不大，在动物本身并不表现出临床症状，但作为贮存者和携带者在人隐孢子虫和贾第虫感染中所扮演的角色却不容忽视。
二、隐孢子虫SSU rRNA基因的巢式PCR-RFLP分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、隐孢子虫SSU rRNA基因的巢式PCR-RFLP分析（论文提纲范文）
（1）三种肠道原虫在海南食蟹猴中的分布及人兽共患风险（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫和贾第虫的简介 |
| 1.1.1 隐孢子虫的简介 |
| 1.1.2 毕氏肠微孢子虫的简介 |
| 1.1.3 贾第虫的简介 |
| 1.2 隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫和贾第虫与公共卫生的关联 |
| 1.2.1 介水传播风险 |
| 1.2.2 其它传播途径 |
| 1.2.3 临床症状 |
| 1.2.4 防控手段 |
| 1.3 三种病原的检测、基因分型技术及亚型区分技术发展 |
| 1.3.1 PCR-RFLP技术 |
| 1.3.2 PCR-DNA结合测序技术 |
| 1.3.3 Real-time PCR技术 |
| 1.3.4 多位点序列分型技术(MLST) |
| 1.4 隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫和贾第虫在人群和动物中的分布 |
| 1.4.1 隐孢子虫在人群中的分布 |
| 1.4.2 隐孢子虫在非人灵长类动物及其它动物中的分布 |
| 1.4.3 毕氏肠微孢子虫在人群中的分布 |
| 1.4.4 毕氏肠微孢子虫在非人灵长类动物及其它动物中的分布 |
| 1.4.5 贾第虫在人群中的分布 |
| 1.4.6 贾第虫在非人灵长类动物及其它动物中的分布 |
| 1.5 本研究的主要内容和意义 |
| 第2章 隐孢子在海南食蟹猴中的分布 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 样本采集 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.2.3 实验所需试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 DNA提取 |
| 2.3.2 虫种/基因型鉴定 |
| 2.3.3 亚型鉴定 |
| 2.3.4 卵囊排泄量检测 |
| 2.3.5 统计学分析 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 食蟹猴中隐孢子虫的感染率 |
| 2.4.2 隐孢子虫虫种分布 |
| 2.4.3 隐孢子虫的亚型分布 |
| 2.4.4 感染不同状态样品的隐孢子虫亚型分布情况 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 多个隐孢子虫虫种及亚型的分布 |
| 2.5.2 海南食蟹猴中隐孢子虫的公共卫生意义 |
| 2.6 本章小结 |
| 第3章 毕氏肠微孢子虫在海南食蟹猴中的分布 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 采集样本 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.2.3 实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 引物 |
| 3.3.2 反体系及程序 |
| 3.3.3 基于等位基因的群体遗传学分析 |
| 3.3.4 毕氏肠微孢子虫亚结构分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 毕氏肠微孢子虫在海南食蟹猴中的感染率 |
| 3.4.2 毕氏肠微孢子虫基因型在不同状态样品中的分布 |
| 3.4.3 主要基因型的多位点基因分型结果 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 毕氏肠微孢子虫在海南食蟹猴中的分布 |
| 3.5.2 毕氏肠微孢子虫的三种主要基因型的多位点基因分型 |
| 3.5.3 海南食蟹猴中毕氏肠微孢子虫的公共卫生意义 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 贾第虫在海南食蟹猴中的分布及其公共卫生学意义 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 样本采集 |
| 4.2.2 实验仪器 |
| 4.2.3 实验试剂 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 贾第虫感染率 |
| 4.4.2 贾第虫基因型及亚型在不同状态样品中的分布 |
| 4.4.3 Assemblage B的多位点基因分型 |
| 4.4.4 Assemblage B的系统发育分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 贾第虫在海南食蟹猴中的分布 |
| 4.5.2 海南食蟹猴中贾第虫的公共卫生意义 |
| 4.6 本章小结 |
| 第5章 三种肠道原虫在海南食蟹猴中的共感染情况 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.2.1 样本采集 |
| 5.2.2 实验仪器 |
| 5.2.3 实验试剂 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.4.1 三种肠道原虫共感染情况 |
| 5.4.2 三种肠道原虫在不同年龄段食蟹猴中的分布 |
| 5.4.3 三种肠道原虫在不同性别食蟹猴中的分布 |
| 5.4.4 三种肠道原虫在不同性别食蟹猴中的分布 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 本章小结 |
| 第6章 结论和展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 论文创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间研究成果 |
| 致谢 |
（2）猪三种肠道原虫双重巢式PCR检测方法的建立与初步应用（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 猪囊孢球虫 |
| 1.1 概述 |
| 1.2 分类与命名 |
| 1.3 流行病学调查 |
| 1.4 诊断方法 |
| 1.5 预防和治疗 |
| 2. 毕氏肠微孢子虫 |
| 2.1 概述 |
| 2.2 分类与命名 |
| 2.3 流行病学调查 |
| 2.4 诊断方法 |
| 2.5 预防和治疗 |
| 3. 隐孢子虫 |
| 3.1 概述 |
| 3.2 分类与命名 |
| 3.3 流行病学调查 |
| 3.4 诊断方法 |
| 3.5 预防和治疗 |
| 第一章 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重巢式PCR检测方法的建立 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品来源 |
| 1.2 主要仪器与试剂 |
| 1.3 DNA提取 |
| 1.4 常用溶液的配置 |
| 1.5 引物的筛选与合成 |
| 1.6 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫单病原nest-PCR扩增体系的确定 |
| 1.7 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重nest-PCR反应体系与反应条件的确定 |
| 1.8 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重nest-PCR反应体系与反应条件的优化 |
| 1.9 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫质粒标准品的制备 |
| 1.10 特异性试验 |
| 1.11 敏感性试验 |
| 1.12 重复性试验 |
| 1.13 临床样品的检测 |
| 1.14 PCR产物的检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫单病原nest-PCR反应体系及反应条件的确定 |
| 2.2 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重nest-PCR反应体系的优化结果 |
| 2.3 猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重nest-PCR反应条件的优化结果 |
| 2.4 特异性试验结果 |
| 2.5 敏感性试验结果 |
| 2.6 重复性试验结果 |
| 2.7 临床样品检测结果 |
| 3 结果与讨论 |
| 3.1 成功建立了猪囊孢球虫和毕氏肠微孢子虫双重巢式PCR检测方法 |
| 3.2 影响双重巢式PCR反应体系和反应条件优化的因素 |
| 3.3 所建双重巢式PCR方法具有良好的特异性、敏感性和重复性 |
| 3.4 双重巢式PCR方法和单病原巢式PCR方法检测结果比较 |
| 第三章 猪囊孢球虫和隐孢子虫双重巢式PCR检测方法的建立 |
| 引言 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 样品来源 |
| 1.2 主要仪器与试剂 |
| 1.3 DNA提取 |
| 1.4 常用溶液的配置 |
| 1.5 引物筛选与合成 |
| 1.6 猪囊孢球虫和隐孢子虫单病原nest-PCR反应体系与反应条件的确定 |
| 1.7 猪囊孢球虫和隐孢子虫双重nest-PCR反应体系与反应条件的确定 |
| 1.8 猪囊孢球虫和隐孢子虫双重nest-PCR反应体系和反应条件的优化 |
| 1.9 猪囊孢球虫和隐孢子虫质粒标准品的制备 |
| 1.10 特异性试验 |
| 1.11 敏感性试验 |
| 1.12 重复性试验 |
| 1.13 临床样品检测 |
| 1.14 PCR产物的检测 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 猪囊孢球虫和隐孢子虫单病原nest-PCR反应体系及反应条件的确定 |
| 2.2 猪囊孢球虫和隐孢子虫双重nest-PCR反应体系的优化结果 |
| 2.3 猪囊孢球虫和隐孢子虫双重nest-PCR反应条件的优化结果 |
| 2.4 特异性试验结果 |
| 2.5 敏感性试验结果 |
| 2.6 重复性试验结果 |
| 2.7 临床样品检测结果 |
| 3 结果与讨论 |
| 3.1 成功建立了猪囊孢球虫和隐孢子虫双重巢式PCR检测方法 |
| 3.2 所建双重巢式PCR方法具有良好的特异性、敏感性和重复性 |
| 3.3 所建双重巢式PCR与单病原巢式PCR检测临床样品无显着差异 |
| 第四章 全文结论及创新点 |
| 1 全文结论 |
| 2 创新点 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
（3）不同饲养模式下三个品种猪肠道寄生虫调查及隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫分子流行病学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 我国猪肠道寄生虫的防治研究进展 |
| 第二章 隐孢子虫的分子流行病学研究进展 |
| 第三章 毕氏肠微孢子虫的分子流行病学研究进展 |
| 第二篇 试验研究 |
| 第一章 河南省和西藏林芝地区猪肠道寄生虫感染情况调查 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二章 河南省和西藏林芝地区猪隐孢子虫的分子流行病学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三章 河南省和西藏地区猪毕氏肠微孢子虫的分子流行病学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（4）基于SSU rRNA基因的巢氏PCR隐孢子虫系统发育研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 虫株来源 |
| 1.2仪器与试剂 |
| 1.3 隐孢子虫卵囊的初步纯化及镜检 |
| 1.4 隐孢子虫卵囊的纯化 |
| 1.5 卵囊DNA的提取 |
| 1.6 不同卵囊数量的样品DNA提取 |
| 1.7 18S rRNA和SSU rRNA基因的巢式PCR扩增 |
| 1.7.1 引物 |
| 1.7.2 PCR反应体系 |
| 1.7.3 PCR反应程序 |
| 1.8 SSU rRNA PCR产物序列测定及系统发育分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 隐孢子虫的粪检结果 |
| 2.2 不同卵囊数量的样品巢式PCR扩增结果 |
| 2.2 SSU rRNA基因的巢式PCR扩增结果 |
| 2.3 SSU rRNA基因序列的种系发育进化分析 |
| 3 讨论 |
（5）新疆部分地区新生犊牛微小隐孢子虫流行病学调查（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 犊牛腹泻病 |
| 1.2 隐孢子虫病 |
| 1.3 微小隐孢子虫研究概况 |
| 1.3.1 微小隐孢子虫流行情况 |
| 1.3.2 微小隐孢子基因亚型 |
| 1.3.3 微小隐孢子虫致病性 |
| 1.3.4 微小隐孢子虫诊断 |
| 1.3.5 微小隐孢子虫防治 |
| 1.4 目的及意义 |
| 第2章 新疆部分地区新生犊牛微小隐孢子虫流行病学调查 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.3 统计分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 形态学检查结果 |
| 2.2.2 新生犊牛微小隐孢子虫分子生物学鉴定 |
| 2.2.3 不同临床症状新生犊牛微小隐孢子虫流行情况 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 两规模化牛场新生犊牛微小隐孢子虫年度动态分布调查 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.1.3 统计分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 新生犊牛微小隐孢子虫分子生物学鉴定结果 |
| 3.2.2 新生犊牛微小隐孢子虫感染动态分布 |
| 3.2.3 新生犊牛感染隐孢子虫虫种 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（6）湖北省部分地区鸟类隐孢子虫分子流行病学调查（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 隐孢子虫生活史 |
| 3 鸟类隐孢子虫虫种和基因型分类 |
| 3.1 Cryptosporidium baileyi |
| 3.2 Cryptosporidium meleagridis |
| 3.3 Cryptosporidium galli |
| 3.4 Cryptosporidium avium |
| 3.5 感染鸟类的其他隐孢子虫虫种 |
| 3.6 鸟类隐孢子虫基因型 |
| 4 基因分型方法 |
| 4.1 基因型分析工具 |
| 4.2 基因亚型分析工具 |
| 5 诊断方法 |
| 5.1 病原学诊断 |
| 5.1.1 黏膜涂片法 |
| 5.1.2 组织切片法 |
| 5.1.3 粪便卵囊检查 |
| 5.2 免疫学诊断 |
| 5.3 分子生物学诊断 |
| 5.3.1 Nested-PCR |
| 5.3.2 PCR-RFLP |
| 5.3.3 Reverse transcription PCR |
| 5.3.4 实时荧光定量PCR |
| 6 鸟类隐孢子虫流行情况 |
| 6.1 世界范围内鸟类隐孢子虫流行情况 |
| 6.2 中国鸟类隐孢子虫流行情况 |
| 7 预防和治疗 |
| 8 目的和意义 |
| 第二章 湖北省规模化鸡场隐孢子虫流行病学调查 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 粪便样品采集 |
| 2.2 主要试剂和仪器设备 |
| 2.2.1 引物设计 |
| 2.2.2 其他试剂 |
| 2.2.3 主要仪器设备 |
| 2.3 隐孢子虫感染检测方法 |
| 2.3.1 粪便样品gDNA提取 |
| 2.3.2 巢氏PCR反应 |
| 2.3.3 PCR产物的检测 |
| 2.3.4 序列分析和系统发育分析 |
| 2.3.5 统计学分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 隐孢子虫感染率 |
| 3.2 不同年龄组的隐孢子虫感染分布 |
| 3.3 隐孢子虫虫种和基因型鉴定 |
| 3.4 C.meleagridis亚型鉴定和分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三章 武汉市宠物鸟市场隐孢子虫感染情况调查 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 粪便样品采集 |
| 2.2 主要试剂和仪器设备 |
| 2.3 隐孢子虫感染检测方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 隐孢子虫感染率 |
| 3.2 隐孢子虫虫种和基因型鉴定 |
| 3.3 系统进化分析和C.meleagridis亚型鉴定 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（7）猪等孢球虫、贾第虫双重巢式PCR方法和隐孢子虫基于Lectin基因的PCR方法的建立（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 猪等孢球虫(Isospora suis) |
| 1.1 概述 |
| 1.2 分类和命名 |
| 1.3 病原形态及生活史 |
| 1.4 流行病学 |
| 1.5 检测方法 |
| 1.6 预防和治疗 |
| 2 十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis) |
| 2.1 概述 |
| 2.2 分类和命名 |
| 2.3 病原形态及生活史 |
| 2.4 流行病学 |
| 2.5 检测方法 |
| 2.6 预防和治疗 |
| 3 隐孢子虫(Cryptosporidium) |
| 3.1 概述 |
| 3.2 隐孢子虫基因型及亚型分型工具 |
| 3.3 Lectin基因及其编码蛋白的研究现状 |
| 3.4 Lectin基因作为分型工具的意义 |
| 4 本研究的目的和意义 |
| 第二部分 猪等孢球虫和十二指肠贾第虫双重巢式PCR检测方法的建立与应用 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要仪器和耗材 |
| 1.3 样品来源 |
| 1.4 引物的选择与合成 |
| 1.5 PCR扩增体系 |
| 1.6 双重巢式PCR反应体系及反应条件优化 |
| 1.7 PCR产物的检测 |
| 1.8 敏感性试验 |
| 1.9 临床应用检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 单项PCR反应条件的确立 |
| 2.2 双重巢式PCR反应条件的确立 |
| 2.3 序列比对及同源性分析 |
| 2.4 敏感性试验 |
| 2.5 临床样本检测结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 双重巢式PCR反应的要素 |
| 3.2 双重巢式PCR和单病原检测巢式PCR结果比较 |
| 第三部分 河南省部分地区猪肠道寄生虫分子流行病学研究 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品来源 |
| 1.2 主要仪器及耗材 |
| 1.3 主要试剂及其制备 |
| 1.4 DNA提取 |
| 1.5 双重巢式PCR扩增 |
| 1.6 PCR产物鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 PCR检测结果 |
| 2.2 贾第虫和猪等孢球虫的总感染情况 |
| 2.3 不同年龄段猪等孢球虫和贾第虫感染情况 |
| 2.4 不同猪场不同地区猪等孢球虫和贾第虫感染情况 |
| 3 结论与讨论 |
| 3.1 不同年龄段下十二指肠贾第虫和猪等孢球虫感染率差异较大 |
| 3.2 不同地区十二指肠贾第虫和猪等孢球虫感染情况不同 |
| 第四部分 隐孢子虫基于Lectin基因的PCR鉴定方法的建立 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 隐孢子虫阳性样品 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 PCR的扩增 |
| 1.4 测序 |
| 1.5 种系发育分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 PCR对不同隐孢子虫种的扩增结果 |
| 2.2 序列比对与同源性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 Lectin基因有望成为隐孢子虫基因分型的新工具 |
| 3.2 Lectin基因比SSU rRNA对不同拷贝间的微小序列差异有更好的区分度 |
| 全文结论&创新点 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
| 个人简历及成果收获 |
（8）上海原水、生活污水和溢流污水中三种常见水源性病原的污染情况（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 水源性寄生虫简介 |
| 1.1.1 临床症状 |
| 1.1.2 水源性疾病暴发情况 |
| 1.2 水源性寄生虫的传播途径 |
| 1.3 水源性寄生虫的虫种与基因型 |
| 1.3.1 隐孢子虫的分类与基因型 |
| 1.3.2 贾第虫的虫种与基因型 |
| 1.3.3 毕氏肠微孢子虫的虫种与基因型 |
| 1.4 水源性寄生虫感染人的分布情况 |
| 1.4.1 隐孢子虫在人群中的分布及虫种 |
| 1.4.2 贾第虫在人群中的分布 |
| 1.4.3 毕氏肠微孢子虫在人群中的分布 |
| 1.5 水源性寄生虫的检测及基因分型方法 |
| 1.5.1 实时定量PCR (Real-time PCR) |
| 1.5.2 PCR-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP) |
| 1.5.3 PCR结合测序(PCR-Sequencing) |
| 1.5.4 多位点分型技术(MLST) |
| 1.6 水源性寄生虫在各类水体中的分布 |
| 1.6.1 污水中的分布及其基因型 |
| 1.6.2 地表水(原水)中的分布及其基因型 |
| 1.6.3 其他水体中份分布及其基因型 |
| 1.7 本研究的主要内容与意义 |
| 第2章 实验仪器与方法 |
| 2.1 实验仪器 |
| 2.1.1 水样采集与预处理仪器 |
| 2.1.2 分子生物学实验仪器 |
| 2.2 实验试剂 |
| 2.2.1 水样预处理试剂 |
| 2.2.2 分子生物学实验试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 水样采集地点及方法 |
| 2.3.2 水样采集方法 |
| 2.3.3 预处理方法 |
| 2.3.4 分子生物学方法 |
| 第3章 上海原水中水源性病原的污染情况 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 原水中贾第虫的分布与基因型 |
| 3.2.2 原水中的隐孢子虫 |
| 3.2.3 原水中的毕氏肠微孢子虫 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 上海生活污水中新发型病原寄生虫的污染情况 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的污染情况 |
| 4.2.2 贾第虫的污染情况 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 上海溢流污水中新发水源性寄生虫的污染情况 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 隐孢子虫的阳性率及基因型分布 |
| 5.2.2 贾第虫的阳性率及其基因型分布 |
| 5.2.3 毕氏肠微孢子虫的阳性率及基因型分布 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 第6章 结论和展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 论文创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间研究成果 |
| 一、论文发表 |
| 二、学术会议论文 |
| 三、专利 |
| 致谢 |
（9）多位点序列分型技术在揭示隐孢子虫和贾第虫传播特征中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 隐孢子虫和贾第虫概述 |
| 1.2.1 隐孢子虫概述 |
| 1.2.2 贾第虫概述 |
| 1.3 隐孢子虫和贾第虫的致病特点及流行分布 |
| 1.3.1 隐孢子虫的致病特点 |
| 1.3.2 隐孢子虫的流行分布 |
| 1.3.3 贾第虫的致病特点 |
| 1.3.4 贾第虫的流行分布 |
| 1.4 隐孢子虫和贾第虫的传播途径 |
| 1.4.1 隐孢子虫的传播途径 |
| 1.4.2 贾第虫的传播途径 |
| 1.5 常用基因分型技术在隐孢子虫和贾第虫基因分型中的应用 |
| 1.5.1 PCR限制性酶切分型技术(PCR-RFLP) |
| 1.5.2 PCR-DNA测序分析技术 |
| 1.5.3 Real-time PCR分析技术 |
| 1.5.4 多位点分型技术(MLT) |
| 1.5.5 多位点序列分型技术(MLST) |
| 1.6 本研究的主要内容及意义 |
| 第2章 火鸡隐孢子虫群体遗传结构的调查分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验样品来源及采集方法 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.2.3 实验试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 实验样本DNA的提取 |
| 2.3.2 隐孢子虫虫种/基因型的鉴定 |
| 2.3.3 PCR产物的DNA测序及分析 |
| 2.3.4 C.meleagridis的群体结构分析 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 隐孢子虫的虫种鉴定 |
| 2.4.2 MLST PCR结果分析 |
| 2.4.3 C.meleagridis的gp60亚型及多态性分析 |
| 2.4.4 基因内的遗传多样性分析 |
| 2.4.5 基于等位基因型分布的多位点分析 |
| 2.4.6 群体亚结构分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第3章 福利院儿童中隐孢子虫和贾第虫的流行分布调查 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 实验样品来源及采集方法 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.2.3 实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 实验样本DNA的提取 |
| 3.3.2 隐孢子虫虫种/基因型和基因亚型的鉴定 |
| 3.3.3 隐孢子虫的多位点序列分析 |
| 3.3.4 贾第虫的检测及分型 |
| 3.3.5 统计学分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 隐孢子虫感染率的检测结果 |
| 3.4.2 隐孢子虫虫种和基因亚型的分布 |
| 3.4.3 隐孢子虫感染的年龄、性别分布 |
| 3.4.4 隐孢子虫感染与腹泻分析 |
| 3.4.5 福利院儿童隐孢子虫的MLST分析 |
| 3.4.6 贾第虫感染率的检测结果 |
| 3.4.7 贾第虫基因型及多位点基因型(MLG)分析 |
| 3.4.8 贾第虫感染的年龄、性别分布 |
| 3.4.9 贾第虫感染与腹泻分析 |
| 3.4.10 福利院儿童隐孢子虫与贾第虫混合感染的情况分析 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 |
| 致谢 |
（10）中国部分地区马属动物隐孢子虫、贾第虫第虫分子流行病学（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文及缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 隐孢子种类/基因型鉴定 |
| 1.1 隐孢子虫种类、基因型和基因亚型 |
| 1.2 基因分型工具 |
| 1.3 亚型分型工具 |
| 1.4 目前已鉴定的隐孢子虫种类和基因型型 |
| 2 贾第虫及其分类 |
| 2.1 贾第虫种类和基因型 |
| 2.2 贾第虫的基因分型 |
| 3 主要哺乳动物隐孢子虫流行情况 |
| 3.1 牛隐孢子虫 |
| 3.2 猪隐孢子虫 |
| 3.3 绵羊和山羊隐孢子虫 |
| 3.4 马属动物隐孢子虫 |
| 3.5 犬隐孢子虫 |
| 3.6 兔隐孢子虫 |
| 4 主要哺乳动物贾第虫流行情况 |
| 4.1 牛贾第虫 |
| 4.2 猪贾第虫 |
| 4.3 绵羊和山羊贾第虫 |
| 4.4 马贾第虫 |
| 4.5 犬贾第虫 |
| 4.6 猫贾第虫 |
| 4.7 兔贾第虫 |
| 4.8 人感染的贾第虫种类 |
| 5 结语 |
| 第二章 马属动物肠道寄生虫隐孢子虫流行病学调查 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样品来源 |
| 2.2 试剂配制 |
| 2.3 显微镜检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 马属动物肠道寄生虫流行概况 |
| 3.2 马属动物肠道寄生虫混合感染情况 |
| 3.3 不同种类、年龄的马属动物肠道寄生虫感染情况 |
| 3.4 不同饲养模式下马属动物肠道寄生虫感染情况 |
| 3.5 不同季节马属动物肠道寄生虫感染情况 |
| 4 讨论 |
| 4.1 马属动物肠道寄生虫感染 |
| 4.2 马属动物隐孢子虫感染情况 |
| 第三章 马属动物隐孢子虫 SSU rRAN 基因 PCR-RFLP 及种系发育分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 隐孢子虫样品 |
| 2.2 隐孢子虫 DNA 提取 |
| 2.3 基于 SSU rRAN 基因的 PCR-RFLP 及序列分析 |
| 2.3.1 三种扩增试剂的比较 |
| 2.3.2 SSU rRAN 基因 PCR 扩增 |
| 2.3.3 基于 SspI 和 VspI 限制性内切酶的 RFLP 鉴定 |
| 2.4 SSU rRNA 基因 PCR 产物测序 |
| 2.5 部分样品的种系发育分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 三种试剂扩增效果比较 |
| 3.2 SSU rRNA 基因 PCR 扩增结果 |
| 3.3 基于 SspI 和 VspI 限制性内切酶的 RFLP 鉴定结果 |
| 3.4 部分样品种系发育分析 |
| 3.5 不同隐孢子虫种类的年龄分布 |
| 3.6 不同种类隐孢子虫地域分布 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于马属动物隐孢子虫种类/基因型 |
| 4.2 不同年龄马和驴隐孢子虫种类/基因型 |
| 4.3 马属动物隐孢子虫种类地域分布与养殖方式的关系 |
| 4.4 马属动物隐孢子虫显微检查和基因扩增效率 |
| 第四章 马属动物隐孢子虫 gp60 基因的亚型分型研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 隐孢子虫样品 |
| 2.2 基于 gp60 基因亚型分型 |
| 2.3 gp60 基因亚型命名 |
| 2.4 gp60 基因 PCR 产物凝胶电泳检测 |
| 2.5 gp60 基因 PCR 产物测序 |
| 3 结果 |
| 3.1 gp60 基因扩增结果 |
| 3.2 gp60 基因亚型鉴定 |
| 3.3 gp60 优势亚型 |
| 4 讨论 |
| 4.1 马属动物隐孢子虫亚型 |
| 4.2 驴隐孢子虫亚型的人兽共患风险 |
| 第五章 马属动物贾第虫基于 TPI 和 GDH 基因的种系发育分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 贾第虫样品 |
| 2.2 贾第虫基因组 DNA 提取 |
| 2.3 TPI 基因和 GDH 基因引物 |
| 2.4 PCR 扩增 |
| 2.5 PCR 产物检测 |
| 2.6 PCR 产物测序及种系发育分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 TPI 基因序列比对及种系发育分析 |
| 3.2 GDH 基因序列比对及种系发育分析 |
| 3.3 驴贾第虫优势种类 |
| 3.4 驴贾第虫年龄和地域分布 |
| 4 讨论 |
| 4.1 马属动物贾第虫流行情况 |
| 4.2 驴隐孢子虫和贾第虫流行种类的独特性 |
| 4.3 驴隐孢子虫和贾第虫人兽共患风险分析 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
四、隐孢子虫SSU rRNA基因的巢式PCR-RFLP分析（论文参考文献）
- [1]三种肠道原虫在海南食蟹猴中的分布及人兽共患风险[D]. 陈立. 华东理工大学, 2020(01)
- [2]猪三种肠道原虫双重巢式PCR检测方法的建立与初步应用[D]. 王朋林. 河南农业大学, 2020(06)
- [3]不同饲养模式下三个品种猪肠道寄生虫调查及隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫分子流行病学研究[D]. 周春香. 扬州大学, 2019(01)
- [4]基于SSU rRNA基因的巢氏PCR隐孢子虫系统发育研究[J]. 张晓,吕静婷,杨璐璐,孙宗科,王友斌,丁培,武利平,丁珵,毛怡心,李霞. 环境与健康杂志, 2019(06)
- [5]新疆部分地区新生犊牛微小隐孢子虫流行病学调查[D]. 张宽宽. 塔里木大学, 2019(07)
- [6]湖北省部分地区鸟类隐孢子虫分子流行病学调查[D]. 廖聪. 华中农业大学, 2019
- [7]猪等孢球虫、贾第虫双重巢式PCR方法和隐孢子虫基于Lectin基因的PCR方法的建立[D]. 刘珍珍. 河南农业大学, 2018(02)
- [8]上海原水、生活污水和溢流污水中三种常见水源性病原的污染情况[D]. 黄成琛. 华东理工大学, 2018
- [9]多位点序列分型技术在揭示隐孢子虫和贾第虫传播特征中的应用[D]. 王元非. 华东理工大学, 2014(09)
- [10]中国部分地区马属动物隐孢子虫、贾第虫第虫分子流行病学[D]. 菅复春. 河南农业大学, 2012(07)